台湾南部城市高雄长庚医院质子中心（也被称为：永庆治疗中心）设备比较新，正式运营时2018年10月，一共设立三个治疗室（第三治疗室是2020年8月才获得台湾当地的监管机构卫福部批准）。在此之前位于北部新北市林口区的长庚医院从2015年开始运营质子中心，属于台湾第一台质子放疗设备。因为与日美交流较多，经验累积很快。