养心殿区域在永乐营建北京紫禁城时并非一片旷地，而是具有膳房功能的建筑群。可能由于厨膳工序所需，将整个区域由南至北分为东西向规整的矩形院落。每个院落朝东对外开门，院落间沿院落南北中轴，在东西向隔墙上开门相通。

嘉靖时期，对该区域进行了较大规模的改造。除保留现御膳房区南北院墙外，其他院墙及建筑均进行了重新规划。北侧院落改建为养心殿及其后殿。正殿南侧设东西配殿，万历时配殿后置东西围房，后殿两侧耳房等。南侧院落设秉笔太监值房、御膳房、隆道阁、忠义室、祥宁宫、无梁殿等。封堵现御膳房南墙居中的门洞，并在同一堵墙的西侧新开门洞以利交通。后推测可能在清初因南侧院落建筑功能的改变而被封堵。南侧院落更是因建筑布局需要一度南扩至隆宗门北端。

清初，院落及建筑格局的改造主要集中在南侧院落。首先，最南侧院墙北移，与乾清门院墙齐平。其次，将院落中的隆道阁、忠义室、无梁殿、祥宁宫逐一拆除，新建并列单檐硬山库房类建筑一排，共两座。于现御膳房区加建坐北朝南连房一座，封堵该院落北院墙居中门洞，并如先例在同一堵墙西侧新开门洞出入，并在乾隆十五年因西值房的改建而被封堵。

清中期以后，北侧院落和建筑布局变化较多，改造多成形于乾隆和嘉庆时期，其中又以乾隆时期最为频繁。这一时期建筑格局的变化主要有：值房区添建值房，并最终改造为现存格局；养心殿区域添建卡墙，将院落分隔得更为明确；正殿西侧添建梅坞、井亭等。嘉庆在此基础上小有修改，如在梅坞前添建平台游廊，挪移假山树池等。此后，直至清末，这一区域虽一直因需不断改造，但院落总体格局基本未再有较大变动。