开局
若叶镇
下楼后，前往空木博士的研究所。从菊草叶、火球鼠、小锯鳄中选出一只成为冒险的搭档。
回到家中，向妈妈取得宝可齿轮。
离开若叶镇，经29号道路，来到吉花市。
吉花市
从老伯处取得跑步鞋，往上方离开时老伯再送赠地图（加入宝可齿轮中）。
从上方的30号道路离开。向民居取得球果盒。
30号道路
从右侧的道路向北移动，来到宝可梦爷爷之家。
进入后向大木博士取得宝可梦图鉴；向宝可梦爷爷取得不可思议的蛋后返回若叶镇。
吉花市
在通往29号道路的出口处，和小银展开宝可梦对战。
若叶镇
回到空木博士的研究所，将神奇蛋交给空木博士。
回家，可以选择将以后获得的零花钱的一部分存放在母亲这里。
正式开始冒险，离开时青梅竹马（琴音/阿响）会向你传授捕捉精灵的方法。
30号道路
30号道路左侧的战斗已经完结，可以通行，沿着31号道路来到闸门，从青梅竹马取得对战记录器。
穿过关卡来到桔梗市。
桔梗市
先进入喇叭芽之塔，来到塔顶，战胜长老后，获得招式学习器70(闪光)。
在桔梗道馆，和道馆馆主阿速进行宝可梦对战。（获胜后可以获得飞翼徽章以及招式学习器51(羽栖)）。
前往商店，从博士助手处获得蛋。
36号道路
从西北方36号道路某NPC取得秘传学习器06(碎岩)。
左方的通道目前无法通行，经过关卡来到阿露福遗迹，再穿过右下方的关卡来到32号道路。
32号道路
一直往下走，穿过互连洞，再经过33号道路到桧皮镇。
从宝可梦中心的垂钓者获得破旧钓竿。
桧皮镇
进入钢铁的家，与钢铁对话后返回呆呆兽之井。
走到尽头并击败火箭队干部兰斯，成功解放所有呆呆兽；从钢铁处获赠速度球一个。
在桧皮道馆，和道馆馆主阿笔进行宝可梦对战。（获胜后可以获得昆虫徽章以及招式学习器89(急速折返)）。
准备离开桧皮镇时小银出现并挑战。
桐树林
穿过左边的关卡来到桐树林，主角需要将两只大葱鸭赶回来。
成功将两只大葱鸭赶回来后，从男孩处获得秘传学习器01(居合斩)。
穿过桐树林的闸门，来到34号道路。
34号道路
遇到青梅竹马的祖父母，介绍饲养屋的功能，前往北方的满金市。
满金市
前往奇迹自行车店，可取得自行车。
前往满金电台，回答柜台最右边NPC的问题后发生剧情，满金市道馆馆主小茜返回道馆。
在满金道馆，和道馆馆主小茜进行宝可梦对战。（获胜后往回走触发剧情，之后跟小茜对话即可。获胜后可以获得标准徽章以及招式学习器45(迷人)）
在花店内获得杰尼龟喷壶。
中局
35号道路
往上走穿过关卡，来到35号道路的尽头。
关卡有两个出口，右边连接自然公园。
自然公园
逢星期二、四、六举行捕虫大赛。
36号道路
对挡路的怪树使用杰尼龟喷壶后击败或捕捉树才怪。
经37号道路前往缘朱市。
缘朱市
前往歌舞练习场与火箭队手下交战，之后与场内的老爷爷交谈得到秘传学习器03(冲浪)。
前往烧焦塔，遇到水京，之后与劲敌交战，并在B1F放走三圣兽。
在缘朱道馆，和道馆馆主松叶进行宝可梦对战。（获胜后可以获得魅影徽章以及招式学习器30(暗影球)）
前往38号道路
38号道路
解决哞哞牧场事件后可以购买哞哞鲜奶。
前往浅葱市。
浅葱市
在浅葱道馆前发现劲敌（无需对战），但是道馆馆主不在。
前往光辉灯塔，在顶楼遇到阿蜜，对话后得知光儿生病了，需要去湛蓝市拿秘传之药。
经由40号水路、41号水路，前往湛蓝市。
湛蓝市
在药店获得秘传之药。
在湛蓝道馆，和道馆馆主阿四进行宝可梦对战。（获胜后可以获得打击徽章以及招式学习器01(真气拳)）
离开道馆后在道馆外阿四的妻子会赠送秘传学习器02(飞翔)。
在占卜师房屋北方见到水君逃走，与水京对战。
返回浅葱市。
浅葱市
将秘传之药交给阿蜜，阿蜜会回到道馆。
在浅葱道馆，和道馆馆主阿蜜进行宝可梦对战。（获胜后可以获得钢铁徽章以及招式学习器23(铁尾)）。
回到缘朱市，向东前行进入42号道路。
４２号道路
用秘传学习器03(冲浪)直接通过42号道路或经过擂钵山前往卡吉镇。
用冲浪和秘传学习器01(居合斩)到42号道路的中间有三棵球果树的地方，可以见到水君逃走（需要先在湛蓝市触发了水君的剧情）。
卡吉镇
被火箭队占领，经过43号道路向北前往愤怒之湖。
43号道路走左侧需要经过草丛，右侧关卡会被火箭队勒索。
愤怒之湖
前往湖中心，遇到红色暴鲤龙，击败或捕捉后获得红色鳞片。
回到湖边遇到阿渡并与其对话。
回到卡吉镇
卡吉镇
前往商店，与阿渡一起进入火箭队基地。
前往B3F击败火箭队干部拉姆达，之后与黑暗鸦对话得知密码。
打开B2F的发电机房，击败或捕捉内部的所有顽皮雷弹。
从渡手中获得秘传学习器05(潮旋)。
在卡吉道馆，和道馆馆主柳伯进行宝可梦对战。（获胜后可以获得冰冻徽章以及招式学习器07(冰雹)）。
出道馆会接到电话，前往满金市。
满金市
先前往满金地道北侧拍照处打扮成火箭队队员。
前往满金电台，至顶楼打败假局长，然后获得地下钥匙。
前往满金地道，进入满金地道被锁住的门，之后与小银对战，解救局长得到钥匙卡。
前往满金电台瞭望台，打败火箭队干部阿波罗，局长赠送虹色之羽HG或银色之羽SS。
离开满金市回到卡吉镇，前往44号道路。
终局
44号道路
穿过44号道路进入冰雪小径。
冰雪小径
可以获得秘传学习器07(攀瀑)。
穿过冰雪小径前往烟墨市。
烟墨市
获得招式学习器59(龙之波动)后，再与龙之长老对话可获得会神速或瞪眼的迷你龙。
在烟墨道馆，与道馆馆主小椿进行宝可梦对战。
获胜后前往龙穴。
在龙穴最深处与龙之长老对话回答问题。日后会根据问题答案的正确与否可获得会神速（全部答对）或瞪眼（其中一题答错）的迷你龙。
回答龙之长老的问题后从小椿获得升龙徽章。
离开龙穴前，小椿会赠送招式学习器59(龙之波动)。
经过45号道路和46号道路回到若叶镇。
若叶镇
与空木博士对话获得大师球并前往缘朱市。
缘朱市
前往缘朱舞场，在这里挑战五位和服女孩。挑战成功后，她们会赠出透明铃铛HG/海声铃铛SS。
前往铃铛塔，在塔顶击败或捕捉凤王HG。
前往漩涡岛。SS
漩涡岛
在洞窟的底层可以击败或捕捉洛奇亚SS。
若叶镇
从镇东侧用秘传学习器03(冲浪)进入关都地区。
进入都城瀑布，继续在27号道路移动。
经过26号道路，前往宝可梦联盟大门。
进入冠军之路。
冠军之路
被小银挑战后，前往石英高原。
石英高原
与四天王及冠军进行对战。
登入名人堂。
登入名人堂后
若叶镇
片尾制作人员名单后再开游戏，回到若叶镇，空木博士会给予船票。
前往浅葱市搭乘水流号前往关都地区。
水流号
在B1F的入口与水手对话，前往1F右侧房间与水手对战
前往并穿过B1F，到达船长室，与船长身边的小女孩对话。
在B1F左侧找到小女孩。
到达枯叶市。
关都地区
关都地区的主要剧情没有严格的先后顺序。
枯叶市
在枯叶道馆，和道馆馆主马志士进行对战（获胜后可以获得橙色徽章、招式学习器34(电击波)）。
在与金黄市民居内的模仿少女对话开启失物事件后，可在宝可梦发烧友俱乐部会长处获得遗失物。
在枯叶市通往枯叶市港口的路，可以见到水君逃走（需要先在42号道路触发了水君的剧情）。
金黄市
在金黄道馆，和道馆馆主娜姿进行对战。（获胜后可以获得金色徽章、招式学习器48(特性互换)）。
与民居内的模仿少女对话开启失物事件，获得遗失物后交给模仿少女可以获得磁浮列车自由票。（需要完成发电厂零件事件）
玉虹市
在玉虹道馆，和道馆馆主莉佳进行对战（获胜后可以获得彩虹徽章、招式学习器19(终极吸取)）。
浅红市
在浅红道馆，和道馆馆主阿杏进行对战（获胜后可以获得粉红徽章、招式学习器84(毒击)）。