《梁书》在编纂过程中存在多处顺序和内容上的失误。例如，在《武帝郗皇后传》之后，紧接着是简文王皇后的传记，而武帝丁贵嫔和阮修容的传记却出现在王皇后之后。考虑到丁贵嫔是昭明太子和简文帝的母亲，而阮修容是元帝的母亲、简文帝的庶母，这种排列顺序显然不合逻辑。原本的意图可能是先叙述皇后再叙述妃嫔，但在记载了武帝郗皇后之后，应当依照逻辑将丁、阮两位妃嫔的传记紧随其後。此外，既然已经为丁贵嫔和阮修容立传，那么为何敬帝的母亲夏太后和敬帝的皇后王氏却没有传记？
在宗室诸王及皇帝子孙的编排上也存在混乱。例如，昭明太子统、哀太子大器、愍怀太子方矩的传记排在了前面，而他们的父亲临川王宏、安成王秀等人的传记却排在子侄辈之后。更为奇怪的是，贞阳侯萧渊明在被齐人拥立后，短暂入主梁朝，尽管他很快就被废黜并去世，他的传记竟然完全被省略。再者，昭明太子的儿子萧詧在江陵称帝，传承了三世，共三十三年，如此重要的历史线索理应在正史中有所记录，而不是仅仅在《昭明传》中忽略不提。
梁武帝起兵之初，萧颖胄的共同策划至关重要，使他能无后顾之忧地继续东进。萧颖胄的弟弟萧颖达随武帝东征，最终攻克建邺，可以说是首功之臣，但奇怪的是萧颖达有传记，而萧颖胄却没有。另外，王琳历经百战，始终忠于梁朝，不愿屈服于陈氏，却也未在《梁书》中立传，这些都是编纂过程中的疏漏。
在《简文帝纪》中，记载大宝二年冬十月壬寅日简文帝驾崩，而在《元帝纪》中却提到大宝二年九月听闻简文帝驾崩的消息，这在时间线上明显冲突。此外，《梁书》只包含纪和传，没有表和志，原因在于当时正在同时编纂《隋书》，各朝的志已经被收入《隋书》，因此《梁书》中不再重复收录。