东南亚地区的海神信仰中，最为人所熟知的当属妈祖信仰。妈祖，原名林默，是保护海上平安的女神，其信仰起源于中国东南沿海，尤其是福建莆田湄洲岛，后逐渐传播至海外华人社区，成为汉族海洋文化的重要组成部分。
除了妈祖信仰，东南亚的海神信仰体系中还包括其他一些地方性的海神。
例如，海南地区的渔民和海商有着自己独特的海洋信仰，其中包括兄弟公信仰。兄弟公信仰起源于明代，随着海南人向海外迁移，这种信仰也传播到了东南亚地区。
兄弟公（昭应公）信仰是海南人拥有的民间海神信仰，具有国际色彩，且在海南本岛及南海诸岛有多处兄弟庙（孤魂庙）作为祭祀场所。
此外，水尾圣娘信仰在海外海南文昌人社会中也具有很大的影响力，被称为“南海第一灵神”，并且有水尾圣娘庙的地方通常会有文昌人聚集。相传水尾圣娘曾救助遇难的船只，并在南洋以雕像建庙供奉，成为保护航海者的象征。