战乱结束后，湘军实力强大，为了扼制湘军，朝廷命令李中堂筹办淮军。到了1889年淮军已经完全形成战斗力，规模达到18万人，军备由李中堂创立的军工厂提供。李中堂也秘密向湘军提供武器。规模也达到的24万人。到了1894年，李中堂请镇压栋穴党起义，将湘军和淮军合并为北洋新军，指挥系统都换成了自己的嫡系。1895年以来《东京条约》签订后，李中堂秘密将北洋新军一部14万人驻扎在三亥关，一部14万人水路秘密前往鲁豫苏皖等地，一部6万人驻扎潮藓，一部8万人驻扎四国。战争结束前，李中堂还只是北洋的督办，而战争结束后李中堂基本控制了整个北方。已经权倾朝野。1889年5月，中堂不断将军队规模扩大，赔偿的2000万两白银也没有交给政府。这引起了慈溪的严重不满，命李中堂进京。