1992年夏,南京粮食经济学院粮食经济系党总支感受到粮食流通体制即将发生重大变化;与此同时,国家对高校毕业生逐步实行自主择业,用人单位择优录用的“双向选择”制度。原在粮食计划管理体制下,毕业生系统内分配的背景条件下,设置的粮食经济专业,已与经济发展大趋势不符合。但改变专业方向,涉及到人才培养和学校名称等重大问题,不宜由下级组织提出。经再三思考,向院党委汇报,提出更改粮食经济系,粮食经济专业名称的建议。院党委书记陈庆发,院长靳祖训对更名建议十分重视与关心,要求系里,积极组织教师深入讨论,要充分讲明更名的必要性与可行性,要提出具体更名意见。粮食经济系经广泛讨论取得共识的基础上,7月初以书面文字向院党委提交更名报告,短时间后,院党委批示:粮食经济系改名贸易经济系,粮食经济专业改名贸易经济专业,系印章,挂牌随即更换新系名。院还拨专款用于专业调整调研工作,系里组织三个调研学习小组,分路去北京,武汉,厦门,以人民大学,武汉大学,厦门大学的经济专业为主要学习参照目标,结合财贸特点,制定出贸易经济专业课程计划,调研中还购买了各校相近课程的教材和参考书发给教师备课之用。对在读的大四学生,按照新教学计划采取缺什么就补什么的措施解决。贸易经济系建立后,还批准增设了市场营销专业(专科),列入1993年招生计划。1993年5月经商业部批准,南京粮食经济学院更名为南京经济学院,新院名少了“粮食”两字,标志着突破计划经济管理体制下商、粮、供行业办高校的格局,为学院全面服务社会创造了大发展的条件。同时,学院为担当粮食经济学科人才的特殊需求,保持并加强了粮食经济研究所的投入力量。
1998年7月1日,下放至江苏省管理。
1999年初,南京审计学院与南京经济学院着手合并事宜。
1998年7月1日,下放至江苏省管理。
1999年初,南京审计学院与南京经济学院着手合并事宜。