三个月的时间来申请水利城市防洪乙级资质是有可能的，但需要企业做好充分的准备和高效的工作安排。以下是一些建议，帮助企业在三个月内顺利完成申请：
1. 前期准备阶段（第1个月）
了解资质标准：
详细阅读《建筑业企业资质管理规定》和《水利水电工程施工总承包企业资质标准》等相关文件。
咨询专业人士，确保对资质标准有全面的理解。
人员配置：
确保所有必要的技术人员已经到位，并满足资质要求。
收集所有技术人员的资格证书、工作经历证明、劳动合同和社保缴纳证明。
项目业绩准备：
整理近五年内完成的水利城市防洪设计项目的详细资料，包括合同、竣工验收报告、质量检测报告、业主单位的评价和反馈等。
财务资料准备：
准备最近一期的财务报表、银行资信证明、完税证明等。
质量管理体系：
确保质量管理体系完善，并取得相关认证（如ISO 9001）。
收集内部质量检查记录和第三方机构的外部审计报告。
安全生产管理：
确保安全生产管理规范，并取得安全生产许可证。
收集安全生产责任制文件、应急预案、安全培训记录和演练记录。
环境保护管理：
确保环境保护管理到位，并取得相关认证（如ISO 14001）。
收集环保措施实施记录和效果评估报告。
2. 提交申请材料阶段（第2个月初）
登录政务网：
访问当地建设主管部门的官方网站或全国建筑市场监管公共服务平台，注册并登录企业账号。
填写申请表：
按照提示填写企业基本信息和资质申请表。
上传电子材料：
根据系统提示，上传所有准备好的电子材料。
提交申请：
提交申请后，保存系统生成的申请编号，以便后续查询和跟踪。
3. 初审阶段（第2个月中旬）
材料审核：
建设主管部门对提交的申请材料进行初步审核，确保材料齐全、真实有效。
反馈意见：
如发现材料不完整或存在问题，主管部门会提出反馈意见，企业需在规定时间内进行补充或整改。
及时响应反馈意见，尽快完成整改并重新提交材料。
4. 现场核查阶段（第2个月末至第3个月初）
安排现场核查：
初审通过后，主管部门会安排现场核查，对企业进行实地考察。
准备现场核查：
确保所有资料和现场情况真实有效，准备好迎接建设主管部门的现场核查。
配合核查：
积极配合现场核查人员的工作，提供所需的资料和解释。
5. 终审阶段（第3个月中旬至月末）
综合评审：
主管部门对初审和现场核查的结果进行综合评审，确定是否批准资质申请。
公示期：
评审通过后，会在官方网站上进行公示，公示期一般为7-15个工作日。
颁发证书：
公示期结束后，如无异议，主管部门将颁发资质证书。