公元1646年,清朝贝勒博洛率军攻福建,朱聿键苦于自己无兵,命大学士黄道周外出募兵,黄道周于半途被清兵俘杀,朱聿键只得亲自从福州抵达延平,准备冒险去湖南,而为郑芝龙所阻留。不久郑芝龙降清,郑成功与其父决裂,率部南下。以致隆武朝廷门户大开。此时清军越过仙霞岭直入福建,攻陷建宁,直扑延平。8月21日,朱聿键逃出延平,到汀州城外时被清军追上,他带着曾皇后和忠诚伯周之藩等躲入关帝庙。清兵在门前厉声呼喝:“朱聿键出来。”忽然,一个人手持钢刀跳出庙门,高喝我就是隆武帝,挥刀杀向清兵,清兵急忙发乱箭将他射死,原来此人是周之藩,他舍身想掩护朱聿键脱险。清兵也怀疑他不是隆武帝,进庙搜查,只见后门洞开,庙内空无一人,知朱聿键和曾皇后已从后门逃入汀州城内。清军前锋统领努山命令几百个兵士穿上明军服装,打着明军旗号,直奔城门。汀州守军以为是败退下来的明军,让清军一拥而入,俘获了朱聿键和曾皇后,并将他俩分别押入轿子送往福州。到闽江支流九溪边停下休息时,曾皇后猛然窜出轿子,哭喊一声,陛下宜殉国,妾先去了。纵身跳崖身死。朱聿键也几次想自尽,都因清兵的严密监守而未成,于是绝食而死在福州囚处。不过另有一说是朱聿键是被清军乱箭射死在汀州城衙的大堂上。