这确实是个有些纠结的选择呢，不过咱们可以好好分析一下。
一、公司缴纳的优势
不管是在当地还是厦门缴纳，由公司缴纳社保都是比较划算的。因为社保包含养老、医疗、失业、工伤和生育保险，其中公司需要承担大部分的费用，你只需要承担一小部分。而如果自己交社保，就需要承担全部的费用，经济压力会比较大。
二、当地缴纳的考虑因素
就医便利性
如果你选择在福建家乡小县城缴纳社保，那在本地就医会非常方便。你熟悉本地的医院、医生，而且报销手续等相对简单。不需要考虑异地就医备案等繁琐的手续，能够及时享受到医疗保障服务。
生活稳定性
如果你打算长期在家乡小县城生活和工作，当地的社保可能更适合你。例如，当地的一些社保政策可能与本地的生活环境、消费水平等相匹配。
三、厦门缴纳的考虑因素
城市福利差异
厦门作为一个较大的城市，它的社保福利在某些方面可能会优于小县城。比如，厦门的医疗资源可能更加丰富多样，在一些特殊疾病的治疗或者获取高端医疗服务方面可能有优势。
从养老的角度来看，厦门的养老金计发基数等可能相对较高，如果将来退休后有计划到厦门生活或者享受厦门的养老资源，在厦门缴纳社保可能会有更多的养老金收益。
职业发展可能性
虽然你现在在小县城工作，但如果总公司在厦门，不排除未来有调到厦门工作的可能性。在厦门缴纳社保，有助于保持社保缴纳的连贯性，避免后续转移社保等麻烦。
燕归巢法律在这里要提醒你，不管你选择哪种方式，都要确保公司按照规定为你足额缴纳社保。如果公司存在少缴、漏缴或者不缴的情况，你是有权利维护自己的合法权益的。你可以收集相关证据，如工资条、劳动合同等，向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁。希望你能根据自己的实际情况做出合适的选择。