在细菌、真菌和霉菌的区别上，霉菌属于真菌的一种。真菌种类众多，估计有150万种以上，主要分成三类，除了霉菌外，还有另外两类，一类是酵母菌，像酵素中就含有酵母菌，可以在溶氧较低的情况下分解有机质。另一类就是蕈菌，比如森林中腐烂的树木上生长出的菌类。

细菌和真菌的区别在于细胞核，细菌没有成形的细胞核，是原核生物，多以二次分裂方式进行繁殖；而真菌有细胞核，是真核生物，在繁殖上也呈现出多样性。霉菌以无性或有性孢子进行繁殖，也可借助菌丝片断裂，长成新的菌丝体；酵母大多都是无性繁殖，最常见的繁殖方式就是芽殖，还有少数的裂殖，掷孢子、节孢子和厚垣孢子繁殖，只有少量的酵母进行有性孢子繁殖。

放线菌是界于细菌与丝状真菌之间的一类原核生物，因其生长呈辐射状而得名，大多数为需氧菌，少数为厌氧菌。据统计，自然界85%的抗生素来自于放线菌分泌。如链霉素、土霉素、金霉素、卡那霉素、争光霉素、春雷霉素、灭瘟素。放线菌主要通过形成无性孢子方式进行繁殖，在液体培养基中，也可通过菌丝体断裂成片段繁殖。

细菌、真菌、放线菌都会在合成代谢或分解代谢中产生代谢产物，根据代谢产物与微生物的关系，可分成初级代谢产物和次级代谢产物。初级代谢产物为微生物自身生长和繁殖所必需的物质，产生的种类基本相同，如氨基酸、核苷酸、多糖、脂类、维生素等；不同在于次级代谢产物，当以上微生物生长到一定阶段，才产生化学结构复杂，对该微生物无明显生理功能，或并非是微生物生长繁殖所必需的物质，例如抗生素、毒素、激素、色素等。现在发酵工程技术，就是通过人工培养微生物，将可再生碳水化合物转化成各种产品。如柠檬酸、维生素、氨基酸、抗生素、生物杀虫剂等，据说包括现在穿的丝绸都已有通过发酵技术生产的了。

就目前水产上对微生物的运用，主要在于环境改善，减少污染，降低毒素、抑菌杀菌等治病上面。地球上如若没有微生物的分解，自然界的物质循环将无法进行下去，光是人类死亡的尸体就会在地球表面堆积成山。精养塘，随着产量的提高，如果不补充足量的微生物加速废物的转化，水质变差，发生疾病就是必然的事情。同时微生物之间也存在着竞争与共生关系，次级代谢产物的产生，正是竞争关系的体现，了解并掌握这种关系有助于鱼病的诊断和治疗。