Y染色体与X染色体之间是否会发生重组呢?要回答这个问题,必须先了解Y染色体的结构。人类Y染色体DNA大约包含六千万个碱基对,其中染色体两端的5%为拟常染色体区域(pseudoautosomal region),在传代过程中与X染色体相应区段会发生重组,而主干部分的95%为非重组区域(NRY, non-recombinating portion of Y chromosome),不与任何染色体发生重组。所以,Y染色体主干部分的此特性,保证了子代能完整地继承父代的Y染色体主干而不受混血影响,保证了Y染色体主干的严格父系遗传。所以,当姓氏已经无法作为追寻祖先的可靠标记的时候,以现代的分子生物学技术为基础,研究Y染色体主干的类型分布,是直接追溯群体或者家族的父系起源的最佳方法,是验证祖先与后代的父系关联的唯一手段。例如,在曹操的后人中分析Y染色体特征,我们就可以了解曹操本人的Y染色体特征。实际上,在一段有较可信历史记录的时期内,整个家族的姓氏与父系遗传的关联是可以保证的,所以家族的姓氏往往与固定的Y染色体类型共同传递,紧密关联。