外口呈乳头状突起或肉芽组织的隆起，压之有少量脓液流出，低位肛瘘常仅有一个外口，若瘘管位置较浅，可在皮下摸到一硬索条，自外口通向肛管；高位肛瘘位置常较深，不易摸到瘘管，但外口可有一个或多个。由于分泌物的刺激，肛周皮肤常增厚及发红。

若外口暂时封闭，脓液积存，局部则有胀痛、红肿，封闭的外口可再穿破或在附近穿破形成另一新外口，如此反复发作可形成多个外口，互相沟通。如瘘管引流通畅则局部无疼痛，仅有轻微发胀不适。

部分较大的高位肛瘘，因为瘘管在肛门括约肌外侧不受肛门括约肌的控制，因此外口可以有粪便或气体排出。

可持续或间断流出、量少，分泌物可以为脓性、血性或黏液性。脓液刺激瘘口周围皮肤引起瘙痒或湿疹。