软件著作权在认定高新技术企业中的用途主要包括：
1. 知识产权评分：软件著作权作为知识产权的一部分，在高新技术企业认定中占据重要分值，有助于企业在评分中获得更高的分数。
2. 税收优惠：拥有软件著作权的企业可以享受税收减免政策，如增值税即征即退、企业所得税“两免三减半”等优惠。
3. 科技成果转化：软件著作权体现了企业的科技成果转化能力，是高新技术企业认定中重要的考量因素之一。