肛周脓肿经肛周皮肤行脓肿切开引流术后，该切口形成外口或自行破溃，可导致肛瘘。

肛瘘多为一般化脓性感染所致，少数为特异性感染所致，如结核、克隆病、溃疡性结肠炎等所引起的肛瘘。直肠肛管外伤继发感染也可形成肛瘘，直肠恶性肿瘤溃破也可形成瘘管。但都少见，与一般化脓性肛瘘有明显区别。

外伤、食物中的骨头、吞咽金属等物品、肛门镜检查、肛门体温计测体温等损伤肛管直肠情况，可导致细菌侵入伤口引起肛瘘。

长期食用辛辣、油腻的食物可以改变排便习惯和性状，继而导致便秘或腹泻，可增加肛周脓肿及肛瘘的发生率。

久坐、长期熬夜、吸烟酗酒、过度劳累都会诱发肛周脓肿和肛瘘。久坐可以导致肛门内长时间的高压；长期熬夜、劳累可以致胃肠道功能紊乱，使排便习惯发生改变，然后出现肛周疾病，增加肛周脓肿及肛瘘的发生率。

溃疡性结肠炎、克罗恩病、肠结核等，因其抵抗力降低及炎症长期刺激的情况下，引发感染，导致肛周脓肿，最终形成肛瘘。