软件著作权在认定高新技术企业中的用途主要包括以下几点：
1. 创新能力证明：拥有软件著作权表明企业具备软件开发和技术创新的能力，这是高新技术企业认定中的重要考量因素之一。
2. 知识产权保护：通过获得软件著作权，企业可以对其开发的软件产品进行法律保护，增强市场竞争力。
3. 资质申报材料：在申请高新技术企业时，软件著作权证书可作为企业自主知识产权的证明材料之一，有助于提升企业的资质和信誉。
这些用途不仅体现了软件著作权在高新技术企业认定中的重要性，也展示了其在促进企业创新发展方面的作用。