高新技术企业认定的办理流程通常包括以下几个步骤：
一、企业自我评价
企业需对照《国家高新技术企业认定办法》和《国家高新技术企业工作指引》的相关规定，进行自我评价，判断自身是否符合高新技术企业的认定条件。
二、注册与申请
注册账号：企业需登录“高新技术企业认定管理工作网”（ http://www.innocom.gov.cn ），按要求填写《企业注册登记表》，并通过网络系统提交至认定机构。认定机构核对企业注册信息，并在网络系统上确认激活后，企业可以开展后续申报工作。
提交申请：企业登录“高新技术企业认定管理工作网”，按要求填写《高新技术企业认定申请书》，并通过网络系统提交至认定机构。同时，企业还需向认定机构提交书面申请材料。
三、提交书面材料
提交的书面材料通常包括：
高新技术企业认定申请书：在线打印并签名、加盖企业公章。
企业营业执照等相关注册登记证件：复印件需加盖公章。
知识产权相关材料：包括知识产权证书、反映技术水平的证明材料、参与制定标准情况等，以及科研项目立项证明、科技成果转化说明等。
企业高新技术产品（服务）的相关材料：包括关键技术和技术指标的具体说明、相关的生产批文、认证认可和资质证书、产品质量检验报告等。
企业职工总体情况说明与科技人员名单。
研发费用及收入专项审计或鉴证报告：由具有资质的中介机构出具的企业近三个会计年度的研究开发费用、近一个会计年度高新技术产品（服务）收入专项审计或鉴证报告，并附研究开发活动说明材料。
财务会计报告：包括会计报表、会计报表附注和财务情况说明书，需由具有资质的中介机构鉴证。
企业所得税年度纳税申报表：近三个会计年度的企业所得税年度纳税申报表。
四、专家评审
认定机构在收到企业的申报材料后，会从专家库中抽取专家组成专家组，对申报材料进行审查。审查内容主要包括企业的研究开发活动、年度财务会计报告和专项审计报告等是否符合相关规定，以及企业的知识产权、研究开发活动、主营业务、成果转化及高新技术产品（服务）等情况。
五、认定报备与公示
认定报备：经认定的高新技术企业名单，会由认定机构报备至领导小组办公室。
公示：领导小组办公室会在“高新技术企业认定管理工作网”上公示认定结果，公示期通常为10至15个工作日。
六、颁发证书与后续管理
颁发证书：经公示无异议的企业，会由领导小组办公室颁发统一印制的“高新技术企业证书”。
后续管理：认定机构会对已认定的高新技术企业进行后续管理，包括对其经营状况、研发活动、知识产权等情况进行监督检查。
七、办理税收优惠手续
企业在获得高新技术企业认定后，还需在企业所在地税务机关办理税收优惠手续，以享受相关的税收优惠政策。
需要注意的是，不同地区的高新技术企业认定流程可能存在细微差异，企业需密切关注所在地区的具体通知和要求。同时，企业在准备申报材料时，应确保材料的真实性、准确性和完整性，避免因材料问题而影响认定结果。