微生物有机肥作为一种生态环保型肥料，具有多方面的优点，主要包括以下几个方面：
一、生态环保 无化学污染：微生物有机肥不含化学合成的肥料成分，不会对土壤生态系统造成破坏，也不会污染环境，是一种安全、无毒的肥料。 减少化肥依赖：微生物有机肥可以逐步替代或减少化肥的使用量，从而降低化肥对环境的负面影响，如土壤板结、水体富营养化等。
二、提高土壤质量 改良土壤结构：微生物有机肥能够调理土壤，增加土壤孔隙度，改善土壤通气性和透水性，克服土壤板结问题。 增加有机质：富含有机质，施用后能显著提高土壤中的有机质含量，增强土壤的保水、保肥和供肥能力。 促进微生物活动：内含多种功能性微生物，施入土壤后能激活土壤中微生物的活跃率，促进微生物的繁殖和代谢活动，进而改善土壤生态环境。

三、促进植物生长 提高养分吸收率：微生物有机肥中的有益微生物在代谢过程中会产生大量的植物内源酶和植物生长调节剂，这些物质可以促进作物根系对营养元素的吸收，提高养分利用率。 促进根系生长：部分有益菌如胶冻样芽孢杆菌、侧孢芽孢杆菌等能促进作物根系生长，增加须根数量，扩大根系吸收面积。 增强光合作用：有益菌的代谢产物还能促进叶片的光合作用，提高作物的光能利用率，从而增加干物质积累。
四、提高作物品质 降低有害物质含量：微生物有机肥中的有益菌能降低植物体内的硝酸盐含量和重金属含量，提高农产品的安全性。 提高营养成分：部分有益菌如乳酸菌、嗜酸乳杆菌等能提高果实中必需氨基酸、维生素和不饱和脂肪酸等的含量，使果实口感更好，营养价值更高。 改善外观品质：施用微生物有机肥后，果品的色泽更鲜艳、个头更整齐、成熟更集中，商品性更好。

五、增强作物抗逆性 提高抗病性：微生物有机肥中的有益菌能增强作物的抗病性，如地衣芽孢杆菌、巨大芽孢杆菌等能强化叶片保护膜，抵抗病原菌侵染。 提高抗逆性：同时，这些有益菌还能增强作物的抗旱、抗寒、抗涝等能力，使作物在不良环境条件下仍能保持良好的生长状态。 六、经济效益显著 提高产量：微生物有机肥在减少化肥用量或逐步替代化肥的情况下，仍能使粮食作物增产6～20%，蔬菜类增产7～25%，经济作物增产5～28%，瓜果类增产7～25%。 提升农产品价值：由于提高了农产品的品质和外观，使得农产品的售价得到提升，从而增加了农民的收入。

综上所述，微生物有机肥具有生态环保、提高土壤质量、促进植物生长、提高作物品质、增强作物抗逆性和经济效益显著等多方面的优点。因此，在农业生产中推广使用微生物有机肥具有重要的意义。