在面对怪兽破坏世界之际，男主脑海中想象出了人类的巨人英雄来对抗怪兽的场景，而这个念头诞生之时，出现了一束光，将男主包围并给予了男主奥特曼的力量。
这个奥特曼的设定是来自未来，穿越时光来到现代，并且外形和男主想象的一模一样。但奇怪的是，每次男主疑惑为什么多年来怪兽的活跃，奥特曼不早点出现，偏偏在这个时候出现？而奥特曼每次都会用各种理由搪塞过去。
从此男主和奥特曼一路打怪升级（标准TV流程），最终获得能控制时空的最强形态，到了大结局，面对史上最强反派，即使使出浑身解数，依然打不过，但男主不放弃，终于使出全力一击，让反派破防了，然而力竭的奥特曼还是被反派打败死去，男主则被脱离出来，在世界陷入了绝望之时，全世界人们回想起奥特曼在过往战斗的身姿，这些回想化成光的力量，汇聚到了有着想象人类的巨人英雄来对抗怪兽强烈想法的男主身上，男主这次真正成为了奥特曼的化身（和死去的奥特曼一样的外表），重新战斗并把反派击败。男主看着已经灭灯死去的奥特曼，把自己全部形态的力量传输给死去的奥特曼，成功让其复活，男主的奥特曼则回复到只有基础形态。而男主这时终于想明白了，自己至始至终都是这个奥特曼，他现在的使命就是穿越回过去，和人类形态的自己并肩作战。
这是一个轮回，男主穿越回去会经历剧中奥特曼视角的故事，并且在大结局被过去的自己复活后，正式开启自己的下一个篇章（也就是和别的新生代奥特曼一样客串，参加银河格斗副本）。
之所以在男主诞生想法的一刻才穿越回来，是为了避免提前穿越会让男主诞生想法这个前提条件不成立，没有这个强烈的想法，即使男主和奥特曼打到大结局，也只会止步于被反派击杀，没有复活的后续。