在连云港进行食管恶性病变基因检测，可以选择以下几种途径：
1. 三甲医院：连云港的多家三甲医院设有专业的基因检测实验室，能够提供食管恶性病变相关的基因检测服务。建议前往肿瘤科或遗传咨询门诊进行详细咨询。
2. 独立医学检验所：连云港也有一些具备资质的独立医学检验所，这些机构通常配备先进的检测设备和技术人员，能够提供专业的基因检测服务。
3. 专业基因检测公司：市面上有一些专注于基因检测的公司，它们通过与医疗机构合作，为患者提供上门采样或邮寄采样盒的服务，方便快捷。
选择注意事项：
1. 资质认证：确保所选机构具备国家相关部门颁发的基因检测资质。
2. 技术水平：了解机构的检测技术和设备是否先进，检测结果的准确性和可靠性。
3. 服务流程：选择服务流程规范、咨询和后续支持完善的机构。
建议在进行基因检测前，先咨询专业医生或遗传咨询师，了解检测的必要性和具体流程，以便做出最适合自己的选择。