王莽败亡，更始新立，派遣使臣巡行郡国，声言：“先降者复爵位”(《后汉书·寇恂列传》)。耿况带领寇恂，到边界恭迎使臣，并按规定交上印绶。然而，使臣收取印绶后，过了一夜，仍然没有归还之意。寇恂大怒，勒兵入见使臣，请还印绶。使臣不给，并且说：“天王使者，功曹欲胁之邪？”寇恂说：“非敢胁使君，窃伤计之不详也。今天 下初定，国信未宣，使君建节衔命，以临四方，郡国莫不延颈倾耳，望风归命。今始至 上谷而先堕大信，沮向化之心，生离畔之隙，将复何以号令它郡乎？且耿府君在上 谷，久为吏人所亲，今易之，得贤则造次未安，不贤则秖更生乱。为使君计，莫若复之以安百姓”(《后汉书·寇恂列传》)。使者不应，寇恂当即大声命令手下，以使臣名义召见耿况。耿况进见，寇恂抢步向前取回印绶交给他，使臣见事已如此，只好承制命耿况仍任原职。

    
刘秀南定河内。想命将留守。但考虑到更始帝的大司马朱鲔盛兵据洛阳，并州也未平定等因素，一时想不出合适的人选。于是，便去征询邓禹的意见。邓禹说：“昔高祖任萧何于关中，无复西顾 之忧，所以得专精山东，终成大业。今河内带河为固，户口殷实，北通上党，南迫洛阳。寇恂文武备足，有牧人御觽之才，非此子莫可使也”(《后汉书·寇恂列传》)。于是，刘秀便任命寇恂为河内太守，行大将军事。刘秀对寇恂推心置腹，殷殷嘱托：“河内完富，吾将因是而起。昔高祖留萧何镇关中，吾今委公以河内，坚守转运，给足军粮，率厉士马，防遏它兵，勿令北度而已”(《后汉书·寇恂列传》)。      不久，刘秀北伐燕、代。寇恂统领属县，讲兵肄射，砍掉淇园的竹林，造箭百万枝，养马二千匹，收租四百万斛，并把这些及时转运前线，以给军资。

光武帝攻洛阳之前，先回河内，寇恂请求随军出征。光武帝说：“河内未可离也”(《后汉书·寇恂列传》)。寇恂屡次请求，光武帝只是不同意。于是，寇恂便派侄儿寇张、外甥谷崇率精锐骑兵，做光武帝的先锋。光武帝很高兴，任命二人为偏将军。      建武二年(26年)，寇恂因过失免官。这时，颍川人严终、赵敦聚众万余，与密县(今山东密县东南)人贾期连兵为寇。于是，寇恂被免几个月后，又被起用为颍川太守。寇恂和破奸将军侯进击杀贾期，平定颍川。光武帝封他为雍奴侯，食邑万户。

寇恂派谷崇向光武帝汇报，光武帝当即召寇恂入朝。寇恂入京陛见，贾复正在殿中，当下起身躲避。光武帝说：“天下未定，两虎安得私斗？今日朕分之”(《后汉书·寇恂列传》)。于是三人并坐极欢，贾复与寇恂遂共车同 出，结友而去。      寇恂归守颍川。建武三年(27年)，光武帝派使者到寇恂的驻地任命他为汝南太守，并派骠骑将军杜茂率兵协助寇恂讨伐盗贼。盗贼清静，郡中无事。寇恂素好学，于是兴修乡校，教授生徒，并聘请研究《左氏春秋》的名师，自己亲从受学。

建武七年(31年)，寇恂代替朱浮任执金吾，第二年，又随光武帝出兵攻打隗嚣。这时，颍川盗贼蜂起，光武帝率军撤回。途中，他对寇恂说：“颍川迫近京师，当以时定。惟念独卿能平之耳，从九卿复出，以忧国可知也。”寇恂说：“颍川剽轻，闻陛下远逾阻险，有事陇、蜀，故狂狡乘闲相诖误 耳。如闻乘舆南向，贼必惶怖归死，臣愿执锐前驱”(《后汉书·寇恂列传》)。光武帝即日命驾南征。寇恂跟随，直至颍川，盗贼见寇恂到来，全部投降，根本不用任寇恂为太守。光武所经之处，百姓们纷纷遮道请求，说：“愿从陛下复借寇君一年”(《后汉书·寇恂列传》)。光武帝只好命寇恂暂驻长社县，镇抚吏民，受纳余降。

原来，隗嚣部将高峻，拥兵万人，据守高平第一城(今固原县)，光武帝派马援招降高峻，从此，河西道开。中郎将来歙任命高峻为通路将军、封关内侯。此后，高峻隶属大司马吴汉，随军在冀县包围隗嚣。等到吴汉退兵，高峻逃回营地，又帮助隗嚣把守陇坻一带。隗嚣死后，高峻据住高平，害怕汉廷诛戮，坚守不降。建威大将军耿弇等围城一年，始终不能攻克。

建武十年(34年)，光武帝入关，准备率兵亲征。寇恂当时正在军中，他认为“长安道里居中，应接近便，安定、陇西必怀震惧，此从容一处可以制四方也。今士马疲倦，方履险阻，非万乘之固，前年颍川，可为至戒”(《后汉书·寇恂列传》)。光武帝不听。光武帝进至汧县，见高峻仍未攻下。便想派人前去劝降。于是对寇恂兑：“卿前止吾此举，今为吾行也。若峻不即降，引耿弇等五营击之”(《后汉书·寇恂列传》)。

寇恂带着用皇帝印玺封记的文书来到高平第一城，高峻军师皇甫文出来迎接，言辞礼节，倨傲不屈。寇恂大怒，要杀死他。诸将皆说：“高峻精兵万人，率多强弩，西遮陇道，连年不下。今欲降之而反戮其使，无乃不可乎”(《后汉书·寇恂列传》)？寇恂不听，斩皇甫文，并让他的副使回去转告高峻：“军师无礼，已戮之矣。欲降，急降；不欲，固守”(《后汉书·寇恂列传》)。高峻惶恐无地，即日开门出降。      诸将都来祝贺，并且请教杀其使却能降其城的原因。寇恂说：“皇甫文，峻之腹心，其所取计者也。今来，辞意不屈，必无降心。全之则文得其计，杀之则峻亡其胆，是以降耳”(《后汉书·寇恂列传》)。意思是皇甫文是高峻心腹，也是背后出主意的人。这次来，辞意不屈，全无降心。放过他，皇甫文会自以为得意，杀了他，高峻则胆裂魂飞，自然会主动出降。诸将皆说：“非所及也”(《后汉书·寇恂列传》)。      建武十二年(36年)，寇恂去世，谥威侯。其子寇损嗣。