危机应对
§防御计划
神秘质所造成的威胁并非无解。虽然没有任何方法恢复一个已经成为神秘质的物质，但利用适当的措施防止物质神秘化是可行的。
在这场关乎人类存亡的思想盛宴中，无数计划被提出，动辄持续数十年、耗资千万亿计的设想被一个个立项。这个无数可能性生长的领域史称“防御计划”。
§筑堤计划
筑堤计划是防御计划开始的前奏。
这一计划原是为了抵制神秘质的影响而由教科文界发起的，旨在重新审定一切人类历史、文学艺术作品、思想文献的真实性，防止神秘对文明的传承带来毁灭性的影响。“筑堤工”们日复一日的沉浸于世界各地的文献资料，对其进行考究和整理。但由于神秘质已经混入其中，部分“筑堤工”受到反噬，反而开始坚信虚假的历史并将其传播。这是第一次曝光出大规模的对抗神秘质入侵的人员遭到反噬的事件。最后几名“筑堤工”被劝退后，联合教科文组织宣布停止相关活动，计划宣告失败。
§填海计划
作为危机爆发初期立下的一个计划，拥有所有该时期立项的计划所共有的超乎寻常的自大特点，其粗暴直接的构想完全超出了当时人类所能想象的科技水平。但经过漫长的岁月后，填海计划最终脱颖而出，成为防御计划的主体部分之一。
该计划的目标是直接创造“现实”这种物质，强行的塞入神秘之海，达到填海造陆的效果。这一计划激进到与其他防御性的计划格格不入，以至于当时几乎没有任何组织愿意出面资助。
第一步，计划要求科学家们举全球之力着力研究“现实”这种物质构成的原理及逻辑，即解构世界运行的底层原则。当时就有世界科学院的委员批评这是一个哲学家来做的计划。这是计划的主体。同时，期间应严厉打击谜语人，将其判处危机后的最高罪名——污染现实罪。
第二步，根据成功进入神秘之海的寥寥几台探测器所获取的经验，制造填海机若干台，部署于宇宙边界上，由内向外一层层填入现实，并造出“世界墙”隔离“海水”。这必须要求人类能掌握量产保护质的工厂，同时，由于人类无法直面神秘之海，要使填海机具备在神秘质侵蚀下基本的自主判断能力。
第三步，每层现实之陆造完后，人员将逐步进入并排净剩余“海水”。当拥有足够技术力后，甚至可以大规模潜入神秘之海，以求找到散落于其中的现实之岛，打捞其中残存的信息碎片。
§悖论计划
悖论计划是防御计划的另一主要部分，原为填海计划的一个子计划，由填海计划悖论支队负责。他们认为，“神秘质”本质上是由“虚构”这一概念构成的，之所以能够溶解现实，不过是将现实中有意义的概念进行解构打乱罢了。而悖论不存在真假的说法，既不能算假的，也就不能侵蚀人类；也不能算真的，因此已经是虚假的东西不会再变假一次。这是人类第一次提出“悖论”设想，为后来的“悖论技术”奠定了重要的理论基础。根据该理论，一层薄薄的“悖论之墙”就可以永久的将神秘之海隔离（后来证明并非如此，悖论墙仍会受到神秘质的侵蚀，但极其缓慢，若计划成功，足以支持数百甚至上千年）。
小队的成果“理发师号”成功铺设了一万多米的悖论之墙，但最后不幸坠毁于海中。
§伊甸园计划
伊甸园计划是教科文件与联合组织合作的最大项目，也是人类文明被抹消殆尽后的最后“方舟”。该计划将人类全部历史文明资料、图片音像、重要文物3D结构、语言文字和科学公式定理以二进制打孔方式记录在两千张金刚石板上，外以水泥浇筑成一百块巨石，存放于地下30千米左右的特制沉箱中，期待若人类大部真的毁灭，幸存者能够重拾人类的智慧结晶，将其作为思想的“伊甸园”。
之后，联合组织挑选了数十种昆虫的基因，将其改造为人类文明的“数据库”：将“伊甸园”中的数据由二进制转写为其它进制，并按其排列碱基的顺序，造出特殊的DNA。之后，将这些特殊昆虫大量繁殖，投放到自然界，让人类文明永远存留于这些物种体内，能够随时提取，确保万无一失。后世常常诟病这一行为对自然界造成的恶劣影响。
§黑洞计划
这一人类文明保存计划自提出以来拖延了半个世纪，始终未能执行，因为其要求的技术难度已经超出了其所保护的技术所能及的范围。该计划希望向黑洞有规律的发射引爆核弹，这些核弹的火光组成特定的二进制序列，并最终定格于事件视界上。在计划的设想中，这能让这些信息保存相当长的时间。且不论这一推测是否合理，要发射巨量核弹抵达离地球最近的黑洞，其距离已经远远超出了神秘质爆发后人类天线的接收范围。低进程磁核畸变曾被认为是最有希望进行人造黑洞的技术，但后面各大国都认为没有必要，计划最终不了了之。
§远航者
由于危机初期人们对神秘质的特性质还不甚了解，误认为其会受到物质世界的影响，因此，为保存人类科技成果，世界科学院将当时所有物理、化学、生物学结论与成果用图形的形式编写成资料库，与所有精密仪器的样品一起封入十多个恒温密封舱中发射至水星，寄希望于剧烈的太阳活动能尽可能的抵御神秘质的侵袭。这是危机初期科学界一次典型的失败。