宠物纯种繁育虽然满足了人类对特定外貌或血统的追求，但其对动物健康与福利的负面影响不容忽视。以下是主要危害及相关分析：
一、遗传疾病与基因缺陷风险显著增加
隐性致病基因的累积
纯种繁育（尤其是近亲繁殖）会显著增加隐性遗传病的表达概率。例如，德国牧羊犬因近亲繁殖导致髋关节发育异常高发，需通过三代内禁止近亲繁殖来降低风险4。类似地，柯利犬因过度追求头部形态的“纯种标准”，颅骨变形导致大脑空间缩小，智力下降1014。
基因多样性丧失
纯种繁育常伴随基因库的缩小，削弱了动物对环境变化的适应能力。例如，混种犬通过杂交可减少髋关节发育异常等遗传病，但纯种犬的单一基因选择使缺陷难以消除1011。
二、生理结构与健康问题
畸形与先天缺陷
近亲繁殖的幼崽可能出现死胎、畸胎或先天残疾。例如，部分近亲繁殖的猫咪因基因缺陷导致体型异常、骨骼畸形或智力低下，甚至幼崽存活率极低414。
免疫力下降与寿命缩短
基因同质化导致免疫系统脆弱，纯种犬更易感染疾病且寿命较短。研究表明，纯种犬的致命咬伤事件占比高达74%（尽管其数量仅占40%），部分归因于遗传导致的行为问题10。
三、行为与心理异常
强迫性行为与攻击性增强
纯种犬因基因选择可能表现出强迫性行为，如拉布拉多猎犬的过度撕咬倾向，与其基因中“暴食冲动”相关10。此外，纯种犬的攻击性行为更易被容忍，导致问题基因延续1011。
繁殖压力下的性情扭曲
繁育者为符合犬种标准（如外貌、步态），常忽视性情筛选。例如，柯利犬的智力退化与其头骨形态的过度选择直接相关1014。
四、伦理与行业问题
动物福利受损
纯种繁育常以牺牲动物健康为代价。例如，为维持“纯种”标签，猫咪被迫近亲繁殖，导致后代先天缺陷，部分幼崽因畸形被遗弃成为流浪动物14。
行业标准与监管缺失
许多犬舍为降低成本采用近亲繁殖，缺乏遗传学知识支撑。尽管专业繁育者提倡系统繁殖（轻度假性近亲繁殖）以减少风险，但实际操作中仍存在无序繁殖现象。