经学方面，汉末郑玄之经学已甚受推崇。然而在魏晋之世，王肃继承父学而注经，其对经学的见解与郑玄不同，遂有郑、王两派互相驳难。曹魏末年，司马氏篡魏为晋。当时政治黑暗，知识份子之思想趋向反动、消沉而无出路。倾向曹氏者多是失势士子，采取清谈方式批评政治，主张自然。倾向司马氏者，则主张维持名教，使儒家作风渐起分化。因王肃为晋武帝外孙，遂被立为官学，一时黜郑申王，使王学成为宗主。

魏晋时期最突出的思想为玄学。其基本教义为《老子》、《庄子》和《周易》，合称三玄。玄学家好谈玄理，不谈俗事，称为清谈，流行于魏晋时期。在240－248年的酝酿期，以何晏和王弼为代表。玄学家认为一件事情需要理解其背后原理的“本”方能了解平常所见的表象“末”，进而提倡“以本统末”的理论。又视“本”为“道”，类比为没有形体的“无”（原理、趋势），视“末”为实际现象的“有”，并认为“万物皆产生于无”。之后到司马炎篡魏建晋为止。以阮籍、嵇康等竹林七贤为代表，他们把焦点由思想理论转移到人生问题上。当时政治黑暗，司马氏压抑士大夫，并以崇尚名教自饰。阮籍及嵇康等人遂主张儒教的礼法压抑人性且虚伪，强调人性的解放与自然真诚。他们带头实现这个理论，形成一股解放个性的风气。到了西晋之后，清谈之风蔓延到政治舞台上，握有大权的达官显要也大谈玄理，呈现一批在世又欲出世的权贵。裴頠对“自然”提出修正，主张“崇有论”，以矫“虚诞之弊”。郭象进一步证明“名教”即是“自然”，玄学发展至此已臻终结。

文学
     三国文学中以曹魏文学最盛，分为前期的建安文学及后期正始文学，其中建安文学反对靡弱诗风，被后人称为“建安风骨”或“汉魏风骨”。这是因为自曹操等人热爱文学，各地文士纷纷吸附。建安文学代表人物为“三曹”及“建安七子”。其他的文学家还有邯郸淳、蔡琰、繁钦、路粹、丁仪、杨修、荀纬等。曹操具有沉雄豪迈的气概，古朴苍凉的风格，著有《短歌行》、《步出夏门行》、《让县自明本志令》等文。曹丕及曹植才华洋溢，曹丕著有文学评论《典论》，导致文学开始自觉发展。曹植具浪漫气质，著有《洛神赋》等文。建安七子与蔡琰、杨修等人关心现实，面向人生。他们的作品反映了汉末以来的社会变故和人民所遭受的苦难，例如蔡琰的《胡笳十八拍》。

正始文学时期，由于当时政治形势受司马氏操控，文人备受压抑，难以直接面对现实。当代的作家有竹林七贤及何晏、夏侯玄、王弼等“正始名士”。正始作家大都通老庄，好玄学，对于社会现实，不如建安作家那样执着，持比较冲淡的态度。嵇康的散文和阮籍的《咏怀诗》尚继承“建安风骨”，敢于面对司马氏政权，其文学都有鲜明的特色。《文心雕龙》提到“正始明道，诗杂仙心。何晏之徒，率多浮浅。惟嵇志清峻，阮旨遥深，故能标焉。”说明了阮籍和嵇康皆为正始文学的代表诗人。

孙吴作家有张纮、薛综、华核、韦昭等。张纮为孙权长史，与建安七子中的孔融、陈琳等友善。薛综为江东名儒，居孙权太子师傅之位。华核则是孙吴末年作家。蜀汉作家有诸葛亮、郤正、秦宓、陈寿等。诸葛亮作为一代政治家，他的作品有《出师表》等。其文彩虽不如他人艳丽，然而内容浅易，情意真切，感人肺腑，表露出他北伐的决心。秦宓所写的五言诗《远游》，是蜀汉流传下来唯一可靠的诗篇。蜀中亦多有学者为书作注的人，如：许慈、孟光、尹默、李撰等，蜀汉后期有谯周、郤正都醉心于文学，谯周更写下了《仇国论》讨论过度征战的缺点，及郤正以依照先代的儒士，借文表达意见的《释讥》。东汉末年亦有研究纤图、术数的学者，如：任安、周舒，之后出现了周群、杜琼等人。