98赛季是冠军杯开始扩军的第一年,由于勒沃库森获得了德甲亚军,他们也历史上首次有机会征战欧洲最高水平的俱乐部赛事,在平淡地通过资格赛后,德国创纪录地有3支球队出现在了冠军杯的小组赛24强中。在德甲双雄招兵买马的同时,勒沃库森却出大于进,先是97赛季德甲最佳球员塞尔吉奥转会去了泽曼的罗马,然后是荷兰射手梅耶签约霍利尔新政的利物浦。唯一让球迷欣慰的是队中的巴西人埃莫森开始逐渐成为球队核心,而在皇家马德里不得志的泽罗伯托也离开老东家弗拉门戈前来报道,与锋线上的巴西人林克组成了活力无穷的巴西帮。不过球队的战绩却在97年的8月1日开始的联赛中很是糟糕,首轮就0:1输给了新科联盟杯冠军沙尔克04,随后又被斯图加特,云达不来梅,比勒费尔德击败,道姆的球队一时间在积分榜上排名大跌,并且在冠军杯中被蒂加纳的摩纳哥4:0横扫,那时的亨利,特雷泽盖,伊克佩巴就让勒沃库森感受到了冠军杯竞争的激烈和残酷。这段萎靡的岁月中,只有老将基尔斯滕雄风依旧,正是他的进球让勒沃库森不算掉队太多,还能看见榜首凯泽斯劳滕和拜仁慕尼黑的身影。在冬歇前的倒数第2轮比赛中他们主场顽强逆转了拜仁慕尼黑,终结了对手14场不败的纪录,同时也让自己逼近了对手。比赛中虽然埃尔伯开场就冲顶敲开了海宁的大门,扬克尔的头球更让拜仁慕尼黑2:0领先,当沃恩斯背后铲倒扬克尔被红牌罚下后,没有人相信他们还能翻盘比分,但半场结束时,老将海因策的进球让他们看到了希望,半场后基尔斯滕开始尽显英雄本色,头顶脚踢3次让卡恩从球门里拣出皮球,最终4:2的比分结束本场比赛,这也 是该队98赛季最伟大的一场比赛,凭借本场比赛的3个进球,基尔斯滕一举超过凯泽斯劳滕的老将马绍尔的13球,再次登上了射手榜首席,在年末的冠军杯小组赛中,他们主场2:2顽强逼和了摩纳哥,最终和对手携手进军8强赛,德甲历史上首次出现3支球队进军8强赛。
由于有了这样的逆境大胜,勒沃库森开始恢复了前一赛季的峥嵘和犀利,在联赛冬歇前的最后一场比赛中,哈勃兰球场再次见证了他们的血腥绞杀:现德国主帅勒夫的斯图加特被他们6:1血洗,巴拉科夫,博比奇以及从汉莎罗斯托克加盟顶替埃尔伯的尼日利亚射手阿克博波里在基尔斯滕,埃莫森,拉米劳的阻击下完全熄火,勒沃库森借此大胜逼近了积分榜前2名的凯泽斯劳滕和拜仁慕尼黑,以极其平和惬意的心态进入了圣诞节和冬歇调整中。
在联赛下半段,勒沃库森开始奋起直追,事实上他们是下半赛季德甲抢分最多的球队,在联赛第7轮客场被阿里代伊和巴盖里的比勒菲尔德爆冷击败外,随后的联赛他们一直保持不败了23场,诺沃特尼和沃恩斯的默契搭档让福格茨将他们出现在了和巴西的热身赛中(1:2德国告负),巴西人埃莫森高水平的发挥让拉米劳在后腰的位置上游刃有余,箭头上的基尔斯滕自然进球连连。球队尽管在3月开始的冠军杯8进四中遗憾地被最终的冠军皇家马德里淘汰(0:0,0:3),但是在首回合的哈勃兰,球迷们还是看到了主队狂攻下白色巨人的狼狈。在联赛的冲刺阶段勒沃库森连续拿下云达不来梅,慕尼黑1860,保持对榜首双雄的压力,其中对1860的客场比赛最值得津津乐道,如果说在主场4:1横扫云达不来梅算是一个小小意外;那在奥林匹克前70钟1:3落后的客队最终在最后的时间里完成了4:3的反败为胜,则让人难忘;在和凯泽斯劳滕的重头戏中,勒沃库森在瓦尔特球场3:0完胜对手,将分差追到了5分,同时逼近了次席打平卡尔斯鲁厄的倒霉拜仁。只是最后的联赛他们再次掉了链子,升班马沃尔夫斯堡,柏林赫塔相继击败了他们。最终他们联赛只拿到了季军,冠军属于那年的凯泽神话,唯一的小小安慰仅仅是基尔斯滕的22个进球卫冕了联赛金靴。
98年夏天世界杯后,勒沃库森的主力中卫沃恩斯就去了巴黎圣日尔曼,卡尔蒙德让克罗地亚人济夫科维奇顶替其留下的位置,那时默默无闻的波兰门将马蒂塞克也加入该队,对海宁的主力门将位置构成了极大的威胁,虽然那年的联赛属于拜仁慕尼黑,但是勒沃库森的表现也算可圈可点,特别是第10轮联赛(我17岁生日一星期后)对阵落魄豪门门兴格拉德巴赫,他们反客为主,上半场就3:1领先对手,奥地利名将波尔斯特的任意球破网谁也想不到是门兴队仅有的2次得分机会,8:2,96赛季让凯泽斯劳滕掉级的劳施又让门兴队蒙羞,其后的勒沃库森连胜5场,积分上以净胜球优势超过了少赛一场的拜仁,只是随后他们就在奥林匹克投降了:半程最后一轮他们就在奥林匹克被埃芬博格和扬克尔折磨不到30分钟时间就缴枪了.... 此后汉莎罗斯托克成功在主场逼和勒沃库森,拜仁慕尼黑则在补赛中完胜门兴格拉德巴赫,一瞬间就让德甲没有了悬念。而在欧洲赛场,除去拜仁慕尼黑和凯泽斯劳滕的冠军杯战场外,勒沃库森在98年9月中下旬的欧洲联盟杯第一轮中客场1:1,主场1:0淘汰了意大利赛场上的黑马乌迪内斯,止步于第2轮,埃德沃卡特挂帅的“多国部队”格拉斯哥流浪者无情地将他们踢出联盟杯。最终勒沃库森在德甲联赛中排名第2,再次收获了安慰性的联赛亚军,战绩为:17胜12平5负 得失球为61:30 63的积分整整比冠军拜仁慕尼黑差了15分,为德甲历史之最。