这个故事开始于1866年一件闹的满城风雨的怪事,许多船只在海上发现了海怪,法国生物学家阿罗纳克斯教授受邀请追逐怪兽,但在追捕过程中不幸落水,被困到“怪物“的脊背上。其实这怪物并非什么独角鲸,而是一艘构造奇妙的潜水船。潜水船是在大洋中的一座荒岛上秘密建造的,船身坚固,利用海洋发电。船长邀请阿罗纳克斯教授及其他的朋友作海底旅行,开始了他们充满传奇色彩的海底之旅。鹦鹉螺号的主人尼摩船长是个性格阴郁,知识渊博的人,他们一道周游了太平洋、印度洋、红海、地中海、大西洋以及南极和北冰洋,遇见了许多罕见海底动植物,还有海底洞穴、暗道和遗址,其中包括著名的沉没城市亚特兰蒂斯,这个拥有与希腊相当的历史文化的文明古国。阿罗纳克斯教授在航行中流露出了他对尼摩船长出类拔萃的才华与学识的钦佩。书中都包容了大量的科学,文化和地理,地质学知识。但在引人入胜的故事中,还同时告诫人们在看到科学技术造福人类的同时,重视防止被坏人利用、危害人类自身危机的行为;提出要爱护海豹、鲸等海洋生物,谴责滥杀滥捕的观念。而这些至今仍然是很热门的环保话题。