3．世纪末的魔术师1999 


主要内容 
罗马王朝的皇室秘宝－回忆彩蛋，将在大阪铃木财团美术馆内展出的同时，怪盗KID寄出「犯案预告信」准备夺取这无价的皇家艺术之宝，於是铃木会长要求小五郎协助警方侦查，以防彩蛋被窃取。柯南一行人来到大阪，遇到服部平次，便一同侦查此案。在美术馆遇到了苏联大使馆的书记、珠宝美术商、罗马王朝研究家、职业摄影师等人。 
看完彩蛋，大家便解读预告信线索，不料将时间、地点都解读错误。而KID窃听到彩蛋被转移了。在疏於防备的情况下，KID 成功地找到了回忆彩蛋。虽然柯南已经发现了KID的行动，看还是晚了一步。KID在逃离途中，却被神秘的杀手狙击，坠海失踪，生死不明。 柯南以新型滑板追踪，夺回彩蛋。与此同时从国外回来的香阪夏美小姐，从祖母的遗物中发现彩蛋的原稿图与实物不同。 
柯南看了原稿后，认为彩蛋有两颗，而在彩蛋的玻璃上映照出夏美曾祖父所盖的城堡，所以大夥儿及对彩蛋虎视耽耽的研究者决议要去此城探索 ，找寻第二颗彩蛋。在返回东京的船上，摄影师寒川被杀，而且和KID相同是被击中右眼。木暮带着白鸟赶到，调查后柯南发现凶手可能是职业杀手史考兵。而白鸟却几次揭穿柯南的提示，使小兰对柯南的身份起了怀疑。 
到达东京后，大家前往城堡，阿笠博士为了送做给柯南强化的眼镜，与灰原哀 也一同出发至城堡，不料少年侦探团也藏身在车上跟踪而行。在城堡中，柯南意外发现通往地下室的通道，在秘道中珠宝商干被杀。而其他人在一个棺木中发现了第二个蛋，并明白了回忆之卵的真正含义。 
但专门狙击人右眼的神秘杀手「史考兵」也在人群之中…… 他再次行动，目标是小五郎和小兰，刺杀失败后凶手抢走了彩蛋，并想烧毁城堡。柯南追赶凶手，在熊熊大火中，凶手露出了她的真面目……柯南在白鸟的帮助下逃出了火海。回家后小兰对柯南(新一)的真实身份再次起了疑问，正当柯南要说出真相时，新一出现了……

5．通向天国的倒数计时2001 

主要内容 
柯南一行人在露营的回家途中顺道参观一座位于西多摩市境内即将在近期完成的全日本最高双塔摩天大楼。而这摩天大楼的拥有者同时也邀请了小五郎与小兰前来参加开幕典礼，因而与柯南一行人偶然巧遇。 
一行人在秘书的带领之下参观了这座两栋长的一模一样的最尖端高科技双塔摩天大楼。但是，此时在这摩天大楼里却出现了多位与此建筑物有着不同关系的人士！不久之后第一个杀人事件发生了…。而且， 令人不敢相信的是《黑暗组织》的成员竟然同时也在大楼附近出现， 这让人不免联想到灰原哀自从那些日子以来，在深夜里究竟是在跟谁 联络…。 
而柯南的真正身份会被那些家伙发现吗？且灰原哀真正的身份又是？不管目暮警官等人如何的劝说，双塔摩天大楼的开幕典礼仍按照预定进行。为了查出这场发生在总楼层高300公尺的高科技摩天 大楼的杀人事件真相，柯南将与其宿敌——也就是当初逼迫工藤新一喝下毒药使他身体缩小的凶手—《黑色组织》展开一场史上最恐怖的攻防战…

6．贝克街的亡灵2002 

主要内容 
东京．米花市．米花市政大楼 
这里正在举行，能够一举改变全世界游戏业界价值观的模拟游戏「茧」的发表会。结合了最先进技术的「茧」，其游戏方式是先进入一部外型酷似蚕茧的大型胶囊，透过计算机的操作让游戏者沉睡于历史上曾经发生过事件的时代，并进行挑战的虚拟体验游戏。柯南、小兰、灰原以及少年侦探队的成员们也接获邀请，前往参加这场受到全世界瞩目的发表会，并阴错阳差的混入政界、财经界以及演艺界等代表人物的小孩群中，趁机乘上了「茧」。另一方面，「茧」的研发者兼负责人—坚村，竟然在发表会会场遭到杀害。而在这起杀人事件发生的同时，一个自称「诺亚方舟」的人工智能闯入「茧」的计算机系统，并切断身处虚拟世界的50名孩童所有能与外界连结的管道，对现实世界中所有的招待者宣布：「在这场解决历史事件的游戏中，只要有一个人能够存活到最后就算你们赢。不过如果没有人能够存活到最后，参加游戏的所有人就会葬命于此。」开始了一场失控的游戏， 
少数知道柯南身份，同时也是工藤新一的父亲，世界名推理作家—工藤优作也是这场发表会的特别来宾。优作负责监修「茧」游戏中的历史事件，虽然能透过推理找出坚村遭到杀害的原因，但关于柯南一行人，他只能在控制室看着他们的表现。柯南一行人必须在「茧」所设定重现的19世纪伦敦贝克街，同时也是福尔摩斯留下无数传说之地，挑战一连串的考验。 
一场结合虚拟实境与现实，用50条生命为赌注的游戏即将开始！

7．迷宫的十字路口2003 


主要内容 
在东京有个“西国立市”神社，那里有三名可疑男子在密谈。突然有个戴着老翁面具的黑影男人出现，用日本刀和弓箭在瞬间将三人杀害。与此事件同时，大阪，京都也相继发生了杀人事件。 
根据搜查的结果，警视厅发布，被杀的5人都是往返东京·大阪·京都三大城市盗窃著名佛像和美术品的盗窃集团成员。他们似乎是以日本历史上最有名的悲剧武将——源义经的故事《义经记》为名，首脑化名“义经”，部下以“弁庆”为首，各自以家将姓名相称。是对盗窃集团怀恨之人所为吗？还是内部分裂而杀人呢？警视厅对犯罪动机也没有掌握有力的线索…… 一方面，小五郎带着柯南，兰，园子到访京都。在由绪的寺院——山王寺的住持告诉他们，8年前国宝级的佛像被盗走了，委托他们解读可以判断佛像藏匿地点的迷样的画像。 
柯南从佛像被盗的事情怀疑是盗窃集团所为，事件开始向破解的方向进展。但很快，在他到达义经·弁庆的传说流传的make by whyarmy历史遗迹——最著名的京都五条大桥开始追寻时，有个手持竹刀的男人突然来袭！ 在京都的五条大桥上，高个男子弁庆挥起长刺刀，牛若丸刀直劈而下！在栏杆上瞬间闪过的柯南惊奇的看到那个男子！那个男子竟是与工藤新一并称的西部高中生侦探-服部平次。平次是知道柯南的真实身份就是工藤新一的少数几人之一。他也是为了追寻在大阪发生的盗窃集团成员被杀事件的真相到了京都。总是在较劲的柯南与平次这次为了查出事件的真相而戮力合作。 
但是，两人身边有个戴着老翁面具的黑影男人！ 在绵密交织的京都十字路口上，隐藏于历史暗影中的谜团与陷阱向柯南等人袭来！棘手案件与敏锐推理，友情与恋爱……还有全明星队伍的声优阵容！而且柯南的身体终于……

8．银翼魔术师2004 

主要内容 
怪盗基德寄来的预告状，然而，这只不过是事件的序章罢了…… 
一个女人来到小五郎处，请其帮助看守宝石。这女人名叫牧树里，是代表着日本的女演员。她收到预告称有人将会去夺取她所拥有的宝石“命运的宝石”，而预告者正是怪盗基德。小五郎断言：基德将会在树里担任主角的传统话剧的公演最后一天前来盗宝。于是第二天，柯南，小五郎，小兰还有少年侦探团一起前往传统话剧公演的东京汐留。柯南对小五郎的推理充满疑问，于是自己推理基德的出现。然而，在那里出现的竟是工藤新一！ 
那个男人再次出现在柯南的面前履夏苁刈”κ穑。俊缓螅? 
当然，那个新一决不是真的。但是，要证明那个新一是假的的话，就需要柯南表明自己的身份。基德似乎明白这一点，很大胆的想和小兰在一起。这时，在树里任主角的舞台上上演了《约瑟夫王妃》的一幕。被柯南看出真实身份的基德，如何盗走这蓝色的宝石呢！？然后，对柯南他们更大的考验是？ 
新楼林立的东京里新焦点？Siosaito（东京内最大规模再开发城市） 
那一角？夜晚。某座大楼的屋顶,柯南的面前站着一个身穿制服的警员。除此之外，没有任何人。“让我们结束游戏吧，小偷先生”慢慢转过身来的警员。 「说的也是啊，我也过够了和你玩捉迷藏游戏的日子，侦探先生」一瞬间，脱去变装，在夜空中飘动的纯白色斗篷。对峙中的两人。柯南VS基德。一场宿命对决即将拉开序幕……

10.侦探们的安魂曲2006 


主要内容 
 美国，纽约时间11日凌晨1点，搜查官史密斯被两名神秘的黑衣男子枪杀于房间中，随后房屋起火家人无一幸免。日本，东京时间13日早晨8点，白马警视总监乘坐的警车莫明起火，白马警视总监以身殉职。英国，伦敦时间15日晚上11点，失踪了近十八年的著名魔术师黑羽盗一被发现离奇在名侦探夏洛克?福尔摩斯的故居门前。此时无人知晓，这些震惊世人的消息只是一部惊天阴谋的序曲。黑暗组织已经展开全面进攻，危险已经渐渐逼近。纽约，东京，伦敦已经被黑暗组织补下天罗地网，下一个被害者将会是谁？优作？平藏？还是毛利小五郎？这一刻， 日本警察的救世主，平成时代的夏洛克?福尔摩斯——工藤新一，日本西部的名侦探服部平次，留学英国伦敦的绅士侦探白马探，同时接到黑暗组织的挑战信，威胁如果不接受挑战，这三座城市将变为废墟， 此刻他们将与黑暗组织进行有史以来最恐怖的攻防战。纽约，东京，伦敦的所有人的性命全部在柯南他们一瞬间的思考，他们能否突破黑暗组织的重重包围？ 

胜利之神是否会再次眷顾我们的名侦探柯南？这次名侦探柯南三人的无敌名推理哦!

11.绀碧之棺2007 


今次的故事就从这神秘的小岛开始，在小五郎的带领下，柯南一行人前往位于太平洋上的小岛“神海岛”上享受愉快的假日，蔚蓝色的大海和无限的自然风光加上自古以来流传的两个“神海岛”传说让这个小岛成为游客成群的度假圣地。兰和园子在“海底宫殿”附近的海域享受有氧潜水，少年侦探团则玩起了神海岛观光课安排的寻宝游戏。然而，觑意于传说中的财宝的宝藏猎人们也潜入了这个迷人的小岛上。兰和园子意外的遭遇到一名被鲨鱼群袭击的宝藏猎人，猎人的死是因为传说中的宝藏吗？急忙赶来的柯南发现了死亡的疑点，并和灰原一起展开了调查. 
“神海岛”流传这两个传说，一个是沉入海底的古代遗迹“海底宫殿”，它是沉入神秘岛海域的巨大岩石建筑群，虽然研究者纷至沓来，但始终没有人能解开“海底宫殿”的秘密，另一个传说是300年前活跃在加勒比海的2名女海盗“安妮·邦尼”和“玛莉·雷德”遗留下来的财宝，据说她们乘坐的海盗船遭到英国海军的攻击时，只有她们2人勇敢的战斗。随着调查的深入，迷一般的文字“Jolie Rougu”浮出水面，宝藏的秘密近在眼前。然后要接近真相总要经历磨难，柯南他们找到的一部分财宝被谜一样的宝物猎人抢走了，而宝藏猎人的魔手也伸向了兰和园子，他们的目的究竟是什么？隐藏在传说中的真相是什么？隐藏在海底宫殿中的秘密又是什么？超越300年的暗号，柯南一一解明。 
神海岛： 

　　神海岛是漂浮在太平洋上的小岛，因为蔚蓝大海的蕴藏着广阔的珊瑚礁，使其亚热带自然风光独具魅力。由于古代遗迹“海底宫殿”的存在，猎奇者纷至沓来，而自古相传的财宝传说也让它顺理成章的成为了瞩目的度假胜地。另外小编补充一点，绀碧原意为深蓝色，让人第一时间联想到大海，而本次故事的舞台也是发生在四海环绕的“神海岛”之上。关于“神海岛”的描述大致可以推断出，所谓的“神海岛”也许就是冲绳群岛中的“绀碧岛”。在神话传说中，“绀碧岛”就象我们中国的蓬莱岛一样居住着许多神仙，而“绀碧岛”之下也有一座神殿。种种设定与“神来岛”不谋而合。《绀碧之棺》在“棺”字上有“ジョリー·ロジャー”的条幅意为海盗旗（Jolly Roger），因此《绀碧之棺》也能译作《深蓝色的海盗旗》。 

Jolly Roger： 

　　他的名字来自于表示红色旗子的“Jolie Rougu”和表示恶魔的“Old Roger” 


“安妮·邦尼”和“玛莉·雷德”： 

 　　1730年左右，在杰克船长的带领下，活跃在加勒比海的2名女海盗。杰克的海盗船与巴哈马总督派遣的军舰战斗时，船长他们藏身于船舱，只剩下2名女海盗勇敢战斗，最终被捕。玛莉死在狱中，安妮则幸运逃出，从此以太平洋为活动据点。据说，那就是如今的神海岛 


海底宫殿： 

　　海底宫殿是沉入神秘岛海域的巨大岩石建筑群，曾经有不少学者研究过它，但是至今未能解开它的谜团。这神秘的场景作为潜水景点，深受观光客的喜爱。另一方面，也有不少人觊觎财宝而来。 


宝藏猎人： 

　　他们是一群巡游世界各地的遗迹、找寻财宝的人。因为神海岛的财宝传说，世界各地的宝藏猎人聚集到这里。神海岛的地图意味着什么呢？