第二天，朱元璋又出现在指挥船上，陈友谅大惊，不仅朱元璋未死，反伤了大将张定边，不禁长叹一声：“常遇春一出，我军将无能与之相敌也！”他的胞弟陈友仁大叫说：“哥哥，不要长他人志气，灭自己威风，待小弟将常遇春捉来献大哥！”
陈友仁亲麾五百只艨艟巨舰围攻常遇春。常遇春将船队化整为零，分头进击，并派20名敢死队分乘七只小船，船内装满硫磺、火药、船头尾置数位身戴盔甲的稻草人，快速向陈友仁船队推进。陈友仁的战舰太大，又以铁索相连，加之时值秋季，湖水落浅，洲滩众多，尾大不掉，行动不便，貌似排水倒海，实际处于被动挨打地步。当常遇春派出的七只小船向汉军战舰推进时，汉军箭如飞蝗，稻草人安然不动，待小船靠近巨舰时，20名敢死队员潜出水面，跳进船仓，将点燃的火把和硫磺、火药向巨舰掷抛，霎时，陈友仁巨舰连环连成了一片火海。常遇春麾师掩杀，汉军被焚死溺死不计其数。陈友仁亦被活活烧死，半个鄱阳湖被血水染红。
船焚弟亡，陈友谅不胜悲悼，退保康山，坚守不出。忽报吴军行枢密院同知丁普郎带领随从来降。这个丁普郎原是陈友谅的部将，1360年朱元璋进军江州路过小孤山时，他投奔朱元璋，参加了鄱阳湖大战。陈友谅怒道：“反复无常之人，要他何用，将他射死。”张定边劝道“问明情况再杀不迟。”丁普郎进帐叩头说：“臣死不足惜，有紧急军情请陛下提防。水域天堑，硬攻不入，今夜常遇春将由梅溪嘴登陆，从后边劫寨。”陈友谅半信半疑，亲自部署兵力，向梅溪嘴包抄。二更时分，湖州苇丛中人影绰绰，鼓声大作，似有伏军。汉军一阵呐喊杀将过去，苇中却无一人，只有几十面旗帜在苇中飘扬，陈友谅发觉中了疑兵计，正要退兵，忽然后营起火，朱元璋大队人马从矶山杀来，陈友谅又一次损兵折将，大伤元气。

次日，朱元璋指挥舰队强攻康山水寨，7只熊熊燃烧的船只象游龙般向汉军巨舰冲去，当火药船接近陈友谅的船队时，风助火威，火仗风势，烈焰腾空，湖水尽赤，陈友谅的巨舰成了一片火海，60万人马损失大半，不得不由康山退守鞋山，又因缺少粮草，准备回到武昌，整饬人马，伺机再战。当陈友谅率领残兵败将行至安徽省宿松县的江口，见追兵渐远，不禁长吁一口气说：“刘基这牛鼻子老道倘若在此伏下一支队伍，我们就完蛋了。”语犹未了，一声炮响，从芦苇丛中驶出两只船队，朱元璋的两位部将郭英和廖永忠已持枪挺立船头。已成惊弓之鸟的陈友谅此时吓出一身冷汗，暗暗叫苦：“天亡我也”！当他从船舱内伸出头来准备指挥百十号船突围时，一支硬箭从他的左眼穿进，一直贯穿脑颅，当场毙命。张定边拼死护着陈友谅的尸体和陈友谅的次子陈理，突破重围，逃往武昌。至此，相持两个多月的鄱阳湖水战，以汉军60万人马全军覆没，陈友谅中流矢身亡而告终。
公元1368年，朱元璋在南京建立了大明王朝，为了宣扬自己是真命天子，诸神相助，他在庐山建立了御碑亭、访仙亭，重建了天池寺，编造了周颠随军相助于海口、赤脚僧人送药至南京等神话传说。