罪被解放了
他跨越高山，越过平原
将自己的种子撒播于大地之上
并祈求着
果实会在千万年后生长出来
———————绝望残党某根据地所缴获的古代文献
在不太遥远的未来，破晓机关和绝望残党依然在斗争着。
就像净被入侵的神盾局一样，破晓机关中有着大批的绝望残党成员【俗称内奸，可中出】，他们的存在引起了一次又一次的危机，这一次也不例外。
破晓机关得知了有一批要带薪集体休假的人员中，有内奸持有着危险的实验物品【禁忌的果实】。为了查出到底谁是内奸，破晓机关决定分配三位精英骨干去调查到底谁是内奸。
于是乎，三位骨干和⑨位内奸候补一起来到了著名无人山庄——【Black colder】
但就在所有人以为可以好好度过休假的时候，唯一可以出去的路被烧毁了。
而黑幕的声音，也传了出来·······