祭祀时，由女萨满主持。主祭女萨满，食三品俸，享受副部级待遇。每日清晨入神武门，到坤宁宫礼神。
乾隆帝继位那年的腊八，在坤宁宫祭神。乾隆帝同王公大臣等参加祭祀，并进胙肉。这次早膳是怎样进行的呢？有档案，记如下。
用金锭膳桌，摆神肉一品，杂碎一品（大银盘），祭神肉片一品（银碗），肉丝汤一品（二号黄碗），银葵花盒小菜一品，小菜三品（银碟），粥菜四品（黄钟），金匙、箸、刀子、大银盘一件，摆毕，呈进。随送粳米膳一品，腊八粥一品（俱三号黄碗），干湿点心二盒（俱赏食肉大人们）。王子大人食肉，俱用银盘乌木箸。皇后、妃、贵人等位，在东暖阁进肉，用照常膳桌，俱用粥菜位分碗。
参加坤宁宫萨满祭祀吃胙肉是一种资格和待遇。坤宁宫食肉，惟王、贝勒等及一品大臣，才有资格列名被请（个别单独奉派例外）。二品官及值南书房翰林有时也可能参与。如道光十二年，乾隆帝第八子仪亲王永璇，88岁，免其进坤宁宫吃胙肉，每次颂赐给胙肉一份。又如，阮元退休在籍，道光帝派人送过年坤宁宫祭祀胙肉一方，

坤宁宫清廷萨满祭祀，延续到民初。光绪时，坤宁宫祭神完毕，慈禧太后坐北炕，光绪帝坐南炕。如慈禧太后不参加，则光绪帝坐北炕。被宣派的诸大臣鱼贯而入，光绪帝跪向慈禧太后前一叩首，诸位大臣再向光绪帝前一叩首，然后在炕上各就各位。内务府大臣捧盘肉，分到慈禧太后和光绪皇帝御案前进上，诸臣同时，行一叩礼。分给诸臣胙肉、咸菜和神糕，也都一叩首谢恩。然后，进奶茶。食完退出。
在坤宁宫，还祭祀灶神。古代社会，男人主外，女人主内，乾坤二宫，也是如此。皇后虽然不做饭，但祭灶神还是在坤宁宫。每年腊月二十三日，坤宁宫祭灶。是日，宫殿总太监率领各首领太监等，在坤宁宫设供案，奉神牌，备香烛、燎炉、拜褥，御茶房、御膳房设供献二十三品，黄羊一只。宫殿总太监奏请皇上到坤宁宫佛前、神前、灶君前，拈香行礼毕，再请皇后行礼毕，还宫。
坤宁宫祭，逐渐松弛。雍正年间，有太监窃祭肉出卖的事情。清末更甚，太监偷出的祭肉，卖到西四饭馆。“砂锅居”的砂锅白肉，早年就是坤宁宫偷出卖掉的祭祀猪肉做的。民国年间，成为京城一道名菜，相沿至今，颇为有名。
总之，清朝的宫廷，既天坛祭天，又堂子拜天，既汲取儒家文化，又崇奉萨满文化，在“神界天国”里，保持着以萨满文化为满洲的宗教文化，又同各民族不同宗教文化多元并存、协合共处的局面。这是清廷的高明之处，也是清朝定鼎中原统治长达268年之久的一大玄机。