日本广泛流传着这样的传奇故事：“神风”在元朝时期曾两度施威摧毁蒙古入侵者的船舰，将日本从危难之中解救出来。此后数百年中，日本人一直对“神风”顶礼膜拜，兴起了大规模拜神的活动。然而，最新的科学发现却否定了这个传奇故事。发表在英国《新科学家》周刊的一项考古新发现指出：拙劣的造船工艺和船体设计是导致蒙古舰队葬身鱼腹的主要原因。
公元1274年，忽必烈第一次远征日本，遇上台风，日本人称是“神风”救了他们。历史记载，元至元十一年(1274年)，元世祖忽必烈命风州经略使忻都、高丽军民总管洪茶立，以900艘战船，1.5万名士兵，远征日本。元军在战争开始阶段取得了很多辉煌战果。

第二天即10月22日早，日军在大宰府水城列阵，但不见元军进攻，派出侦察人员始知博多海面已无元军船只，元军撤退了。日本朝野对突如其来的台风赶走元军十分惊喜，在全国范围内展开了大规模拜神活动，称为“神风”。
至元十八年(1281年)，忽必烈第二次东征日本，两个月之后，又是一场巨大的台风让元军惨败。

当时，忽必烈“以日本杀使臣为由，结集南宋新附军10万人组成一支大军远征日本。兵分两路，洪茶丘、忻都率蒙古、高丽、汉军4万，从高丽渡海；阿塔海、范文虎、李庭率新附军乘海船900艘，从庆元、定海启航”。高丽国王为元朝“提供了1万军队，1500名水手，900只船和大批粮食”。然而，日本守军已有前次抗击蒙古的经验，他们在箱崎、今津等处沿岸构筑防御工事，并以精锐部队开进志贺岛，与东征元军进行激烈战斗。
元军因内部高丽、汉、蒙古统帅之间的矛盾而不能协调作战。这样，“蒙古军在毫无荫蔽的前提下，每前进一步都要付出沉重的代价。双方对峙达两个月之久，蒙古军队没有看到胜利的希望。两个月之后，一场巨大的台风袭击了库树海岸，蒙古军再次企图撤入海上，但他们的努力是徒劳的”。

佐佐木表示：“很多蒙古战舰龙骨上的铆钉过于密集，甚至有时在同一个地方有五六个铆钉。这说明，这些肋材在造船时曾反复使用，而且很多龙骨本身质量就很低劣。”
据汉文史料记载，至元十一年(1274年)正月，忽必烈命令高丽王造舰900艘，其中大舰可载千石或四千石者300艘，由金方庆负责建造；拔都鲁轻疾舟(快速舰)300艘，汲水小船300艘，由洪茶丘负责建造。并规定于正月十五日动工，限期完成。六月，900艘军舰完工。
当时，造船业发达的中国江南及沿海地区尚未被忽必烈完全征服，部分地区仍在南宋军队的控制之下。所以，忽必烈不得不将造船的任务交给技术较为落后的高丽人。一方面，高丽对于造船很反感，认为元朝出兵日本肯定会要求高丽参战，这必将给高丽人带来沉重的负担。另一方面，让造船技术落后的高丽在如此短的时间内完成如此艰巨的任务实属难事。高丽人只得在匆忙间敷衍了事，这些舰船的质量也就可想而知了。

至元十八年(1281年)，蒙古军队的大多数战舰都是平底河船，采用了当时较为流行的水密隔舱设计，而此种战舰的结构并不适于航海作战。所谓水密隔舱，就是用隔舱板把船舱分成互不相通的一个一个舱区，舱数一般为8或13个。它大约发明于唐代，宋以后被普遍采用。虽然该结构便于船上分舱，有利于元军在航海途中进行军需品的管理和装卸，但是舱板结构取代了加设肋骨的工艺，简化了主体结构，削弱了船舶整体的横向强度。佐佐木指出：“迄今为止，我们还没有在高岛附近海域发现V字形远洋船的龙骨，我们可以想象那种为内河航运而设计的船遭遇海中大风浪时将会出现何种混乱的情形。”
佐佐木还发现，战舰残骸的碎片没有一块超过3米，大多数碎片都在10厘米到1米之间。他据此推测，蒙古战船可能采用了类似新安古船的一种“鱼鳞式”船壳结构形式。其船壳板之间不是平接，而是搭接的。这种结构在巨浪的拍击之下容易碎裂。佐佐木表示，对沉船遗址的现有研究只是冰山一角，他希望能够借助声呐和雷达，得以更深入地了解当时蒙古的造船技艺，进而破解沉船真相。

此外，日本人的武器也优于蒙古人。当时日本的冶炼和刀具制作技术世界一流，日本战刀的性能只有北印度和西亚出产的大马士革钢刀可以媲美。古代最优良的钢按性能排列依次为：大马士革钢(铸造花纹钢)、日本钢(暗光花纹钢)、马来钢(焊接花纹钢)。中国最好的钢(镔铁)其实也是一种焊接花纹钢，不过性能没有马来钢那样出色。日本除了具有好钢之外，其战刀的优良性能还来自其独特的后期淬火工艺。日本刀制造成本低廉，使得普通民众都可拥有一把好刀，而蒙古军队使用的质量较差的镔铁刀，很多大刀在对砍时刀刃卷曲。
在两次战争中的八年间隙期间，日本人似乎还改进了他们的弓箭。第二次入侵时，蒙古人发现日本人使用的弓箭的射程和穿透力都有很大的提高，已与蒙古强弓不相上下。从保留至今的图画看，日本人的长弓与当时最先进的英格兰长弓有几分相似，长约1.5米。由于日本人本来就很矮小，画面上的日本弓箭手看上去就好像比他们所持的弓还短。

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