八国联军攻陷北京后,慈禧太后和皇帝都逃亡到西安,慈禧在赐死刑部尚书赵舒翘后,又把薛允升召回任刑部尚书,当时薛允升已81岁高龄了。第二年,也就是1901年,薛允升随驾返北京途中,病逝于河南。薛允升去世后,朝廷赐恤加赏,灵柩由西安城北门进入,过钟楼而出西门,停柩在籍数月,供官员和百姓凭吊,之后,灵柩归葬马务村薛家祖坟,薛永平说:“薛允升的墓冢就在村中,过去神道两旁还有石羊、石马,然而现在已经遗失。墓冢也多次被盗掘,随着村中土地一点点地平整,坟冢现在也看不到了。薛允升的儿子薛浚居住在北京,其后人与村里人失去了联系,现在村中的薛家后人,很少有人能说清薛允升和‘五门’的历史了。”薛允升的墓志铭是清末名儒咸阳人刘古愚所写。薛允升墓碑毁于“文革”,现在薛家后人薛忠孝门前,还有一通神道碑,碑上刻文:“皇清赐进士出身诰授光禄大夫紫禁城内骑马重赴鹿鸣筵宴刑部尚书薛公神道碑”。