何露斯之乱（Horus Heresy）
二十基因原体中最早被皇帝找回的一位，帝国战帅，影月之狼星际军团的基因原体何露斯，被亚空间的混沌力量所污染，投向了黑暗的怀抱，发动了背叛皇帝的战争，有一半的星际战士军团和无数的普通士兵及黑暗机械教成员附从他的野心，叛乱者和他们仍然忠诚的兄弟们展开了血腥的搏杀，整个帝国陷入熊熊战火，暗鸦守卫，火蜥军团和钢铁之手三支忠于皇帝的军团在突然的背叛中被重创，而极限战士，黑暗天使和太空野狼军团远离地球不及返回，在火星，机械神教与黑暗机械教的背叛者们各自指挥着数目庞大的泰坦军团，争夺着这颗红色星球的控制权，人类重新找回的珍贵知识再一次因战火而付之一炬。大反叛的最后，叛军最终抵达神圣地球，高呼着伪帝去死的口号围攻帝王的宫闱，这场悲剧最后的结局是：皇帝亲手杀死了何露斯，但自己也身受重伤，他被装入时间静止的金棺中，安放在神圣地球的王座上，直到今日——帝王和基因原体的时代就这样结束了，但人类仍然盼望着帝王能够有重新苏醒的那一天，也有许多迹象表明，帝王的精神依然在透过金棺，指引着人类的方向……
帝国现状
战后，二十基因原体中最擅长治国方略的一位，极限战士军团的原体罗保特.基里曼，领导了帝国的重建，在这个过程中，他主持编撰了叫做阿斯塔特圣典的伟大典章，为帝国今后的军事和政治体制奠定了根基，其中提出的一项重大变革，就是星际战士军团的拆分，每个星际战士军团要被拆分成许多一千人规模的“战团”，只有一个战团能够继承原军团的名号和徽章，其余的战团将被赋予新的名称和涂装，这阻止了过多的军力被掌握在一人之手，从而防止再发生何露斯之乱这样的悲剧，这一过程被称为再创，而皇帝亲手缔造星际军团的历史，被称为初创。阿斯塔特圣典还详细的规定了星际战士军团的组织形式，装备配备，战术方针，凡是遵循阿斯塔特圣典规范的星际战士战团，被称为圣典战团，当然圣典战团之间也有着许多差异，还有一些军团则完全拒绝了阿斯塔特圣典，比如太空野狼和黑暗天使，不遵循圣典的军团大都有一千人以上的规模，以及许多个性化的特征。
帝国政治
帝国采用了古老的封建政治体系。自皇帝进入黄金王座之后，帝国的最高统治权由地球的高领主掌握。高领主之下是帝国的最高行政机构——内政部，和最高司法机构——法务部，以及管理灵能者和维持中央与地方通信的星际通讯部，和负责亚空间导航的星炬厅。
帝国幅员辽阔，涵盖上亿颗行星。每一个行星被称为一个“世界”，由当地的行星总督管辖。基本上，各个世界内部实行自治，君主制或民主制悉听尊便，但必须服从帝国的统治。这包括按规定缴纳税收，严格实施灵能者管制制度，以及绝对禁止与人类之外的种族合作。
宗教
历朝历代，宗教都是统治者的有力工具（或者最大的敌人）。自从皇帝进入黄金王座之后，帝国内部唯一的“官方”宗教就成了崇拜皇帝的帝国国教（the Ecclesiarchy），帝国国教把帝皇的教导置之脑后，转而宣扬对帝皇的盲从，并且将其他任何宗教皆视为异端
国教教义的主体是解释对皇帝的崇拜，不过它也解释帝国——皇帝统治之领土——扩张的正当性。另外，保卫帝国免遭一切外部力量和外星人的颠覆活动也是每个帝国公民的义务。帝国内部必须保持纯净。为了保持统治秩序，叛教、未经认可的教派、变种人和未认证的灵能者必须被控制。
国教教义教导所有的公民：无论出身高低，公民在帝国的统治体系中都有一席之地，每个公民都应该在自己的位置上竭尽所能。帝国统治体系的根基就是：安分守己、尊重权威、尊重比自己年长者及比自己优秀者，而最高的权威就是皇帝。
就像所有的宗教信仰体系一样，帝国国教对其教义的阐释是开放的，因此帝国国教其实存在无数个分支教派。帝国国教的组织形式类似主教制。
在国教之外，帝国还存在一个特殊的教派，即机械神教。这个教派的历史可以追溯到皇帝的时代，他们崇拜机械神，认为一切机械皆有灵。对于国教而言，这个教派是无可置疑的异端，但由于它的特殊作用及影响，使得机械神教在帝国被认可且受到尊重。
僵化科技
大部分帝国公民对现存的文献和远古科技的运作都一无所知，甚至质疑它们的存在。一名帝国卫队的士兵能在三十秒内完成激光步枪的拆卸检修，但他对自己装卸的零件的具体用途却毫无概念。甚至火星机械神教的低阶技术神甫也根本不理解他们所做的事情——他们的知识是生搬硬套来的。机械能运转是因为操作者执行了正确的仪式由此满足了机械的“本灵”，而不是因为他们按动了雕刻着神圣如尼文“ON”的按钮。 帝国反而珍视这种思想的停滞。传统方法往往是最好的方法，愚民政策是很常用的统治手段。因此，知识与技术都被神化。除了最基本的科技设备之外，所有机械都是超自然的，可以被标记为神圣或不洁的。迷信随处可见，崩溃的知识体系使大部分民众没有能力理解事物为什么会如此。帝国的民众依赖于巫术和宗教仪式减轻恐惧，因为他们没有能力自我反思或突破性思考。那些经常操作技术产品的人只知道各种各样必须严格进行的仪式以维持机械运转。很多人真的相信无知是一种力量。创造性的科学研究极其稀少且通常带来恐慌，在机械神教之外的地方基本不存在。