七月，董卓率军与郭典合力攻打下曲阳，仍未攻克。
八月，皇甫嵩率军与兗州黄巾军战于东郡仓亭，大破之，傅燮率军勇擒三名渠帅。另，兗州黄巾起事时，东阿县丞王度烧仓库响应，县人程昱击败王度，保全一县。
八月三日，朝廷诏令皇甫嵩北伐冀州黄巾军，董卓以罪征回。
自六月至八月，朱儁等人攻宛城而不克，刘宏求胜心切，欲罢朱儁，司空张温劝解。朱儁听闻，急令攻城，虽仍不克，却斩杀赵弘。黄巾余党又拥韩忠为渠帅。
朱儁又以声东击西之计，攻破外城，韩忠困守内城，使人求和，朱儁不许，再战之时，韩忠突围失败，遂降。秦颉以积忿杀韩忠，黄巾余党又叛，拥孙夏为渠帅，困守内城。
约九月，张角病死于广宗城。
十月，皇甫嵩与张梁交战于广宗，斩之。皇甫嵩将张角剖棺戮尸，传首京师。再北上下曲阳，与郭典合力攻城。
十一月，皇甫嵩攻破下曲阳城，斩张宝。朝廷拜皇甫嵩为左车骑将军，兼冀州牧，封槐里侯，封邑八千户。
十一月二十二日，朱儁攻破宛城，孙夏突围而出。朱儁率军追至西鄂精山，斩之。朝廷拜朱儁为右车骑将军。朱儁以孙坚先登有功，表为别部司马[1]。
十二月二十九日，朝廷宣布大赦天下，改元“中平”。
曹操拜济南相，傅燮拜安定属国都尉，刘备拜安喜尉；卢植、董卓免罪，卢植官复原职。
皇甫嵩奏请免除冀州一年田租，刘宏批准。
本年，刘宏在南宫查阅旧章，见到杨赐等人在光和四年（181年）及六年（183年）上书要求查办太平道的奏章，便下诏以“先策黄巾”为杨赐等人封侯。
[1]陈志《孙破虏讨逆传》：汝、颍贼困迫，走保宛城。（孙）坚身当一面，登城先入，众乃蚁附，遂大破之。（朱）儁具以状闻上，拜坚别部司马。

兴平二年（195年），皇帝刘协从长安返回雒阳途中，被李傕等人率军追击。护送将领之一的杨奉，原为白波黄巾军将领，他派人去联络白波黄巾军将领李乐、韩暹、胡才及匈奴左贤王去卑前来护驾。
十二月，东归队伍抵达河东郡安邑县。
建安元年（196年）正月，曹操讨豫州汝南、颍川郡黄巾，何仪降。朝廷（刘协）拜曹操为建德将军。
六月，胡才留在安邑县，李乐、杨奉、韩暹、董承随刘协返回雒阳，途中李乐退出。
六月二十二日，东归队伍抵达雒阳，韩暹拜大将军并领司隶校尉，杨奉拜车骑将军。曹操写信盛赞杨奉，杨奉大喜，表曹操为镇东将军、嗣其父爵位费亭侯。
之后杨奉出屯梁县，韩暹与董承在雒阳争权。
八月，董承私招曹操进京为援，韩暹被迫投杨奉。曹操骗过杨奉，将刘协转移至许县定都。
十一月，杨奉、韩暹作乱，被曹操击败，转投袁术。
之后，杨奉被刘备诈杀，韩暹北归途中遇难，李乐病死，胡才为仇家所杀。白波黄巾自此消亡。
本年，郑玄自徐州返乡（青州北海国高密县），途遇黄巾军，黄巾军听闻郑玄大名，沿途跪拜两旁，约定不去侵略高密县。
建安五年（200年），曹操与袁绍相持于官渡，汝南黄巾刘辟叛曹应袁，袁绍使刘备助其攻打许都，曹操则派曹仁讨平之。
建安八年（203年），曹操部将乐进讨伐青州乐安黄巾，定乐安郡。
建安十二年（207年）十月，济南、乐安黄巾徐和、司马俱等攻克郡县，杀害济南王刘赟。朝廷（曹操）令典军校尉夏侯渊督泰山（太守吕虔）、齐、平原三郡[1]讨平之，屯兵徐州东海国的威虏将军臧霸亦有战功，战后领徐州刺史。
自此，史书再无黄巾起事。
[1]建安十一年（206年），朝廷（曹操）废八郡国，齐国、平原国名列其中，故本年称郡。

【黑山军年表】
中平元年（184年），冀州常山国真定县人褚燕趁着黄巾之乱时起兵响应，聚集万余人，常山王刘暠弃国逃亡。
博陵郡人张牛角自称“将兵从事”，起兵与褚燕合并，褚燕推举张牛角为首领，一起攻打廮陶县，张牛角不幸中箭，伤重而死，临死前将军队托付褚燕。故褚燕改姓张，另以己身轻如燕，异于常人，亦号称“飞燕”[1]。
中平二年（185年）二月，刘宏加税，修皇宫等事，导致原本遭受战乱之苦的冀州地区百姓生活水平持续恶化，大批百姓加入黑山军。当然，还有黄巾军残余力量也加入黑山军。
朝廷（刘宏）无力讨伐黑山军，于是派使者前往招安，拜杨凤为黑山校尉，统帅其他山贼，并有举孝廉、派计吏的权力[2]。
张燕也派人至雒阳请求招安，朝廷拜张燕为“平难中郎将”[3]。
张燕其势力曾扩张至河内郡，后被太守朱儁击退[4]。
[1]陈志《张燕传》：张燕，常山真定人也，本姓褚。黄巾起，燕合聚少年为群盗，在山泽间转攻，还真定，众万余人。博陵张牛角亦起众，自号“将兵从事”，与燕合。燕推牛角为帅，俱攻廮陶。牛角为飞矢所中。被创且死，令众奉燕，告曰：“必以燕为帅。”牛角死，众奉燕，故改姓张。燕剽捍捷速过人，故军中号曰“飞燕”。
[2]陈志《张燕传》裴注引《九州春秋》：灵帝不能讨，乃遣使拜杨凤为黑山校尉，领诸山贼，得举孝廉计吏。
[3]陈志《张燕传》：灵帝不能征，河北诸郡被其害。（张）燕遣人至京都乞降，拜燕平难中郎将。范书《朱儁传》：（张）燕乃遣使至京师，奏书乞降，遂拜燕平难中郎将，使领河北诸山谷事，岁得举孝廉、计吏。范晔将《九州春秋》杨凤事并为张燕，疑误。
[4]按范书《朱儁传》，“朱儁击张燕”事在“张燕招安”之后，疑颠倒。

【黑山军名单考】
按陈志《张燕传》，黑山军涉及地区有冀州常山国、赵国、中山国、并州上党郡、司隶河内郡，下属有孙轻、王当、杜长等人。
按裴松之引《九州春秋》，列出了黑山、白波、黄龙、左校、牛角、五鹿、羝根、苦蝤、刘石、平汉、大洪、司隶、缘城、罗市、雷公、浮云、飞燕、白爵、杨凤、于毒共20人。
按裴松之引《典略》，提到张白骑、张飞燕、张雷公、于羝根、李大目五人；——此五人中有三人亦在正文出现，另此文字亦被范晔采用。
裴注引张璠《汉纪》：又有左校、郭大贤、左髭丈八三部也。——裴松之没有注意到“左校”与正文重复了。
范书《朱儁传》名单则是将上述三本书综合而来：黑山、黄龙、白波、左校、郭大贤、于氐根、青牛角、张白骑、刘石、左髭丈八、平汉、大计、司隶、掾哉、雷公、浮云、飞燕、白雀、杨凤、于毒、五鹿、李大目、白绕、畦固、苦唒共25人。——只有“畦固”（即眭固）出自陈志《武帝纪》。

综合上述名单，可以得到以下28人名单。
飞燕：即张燕。
孙轻、王当、杜长：此三人仅见陈志《张燕传》，归附张燕。
黑山：无事迹记载。陈志《张燕传》云众归张燕，号为“黑山”[①]，岂有人独号“黑山”？疑“黑山”后脱“有”字。
白波：无事迹记载。白波当为并州西河郡白波谷，即白波黄巾。此“白波”疑为“郭大贤”，释疑见后“郭大贤”条目。
五鹿：无事迹记载。疑此为地名，冀州魏郡元城县有“五鹿墟”。
于毒、左髭丈八：范书《袁绍传》[②]独作“干毒”、“左髭文八”，通鉴从“于毒”、“左髭丈八”，此二人为袁绍所攻杀。
黄龙、左校、刘石、李大目：并另见范书《袁绍传》，为袁绍所败。
牛角：即《朱儁传》之“青牛角”，前人（潘眉）误以为“张牛角”，然而张牛角早亡，未入黑山，范书《袁绍传》亦见青牛角，为袁绍所败。沈家本认为此“牛角”为“青牛角”，与“张牛角”不为同一人。沈说是。
羝根：即于羝根，《朱儁传》之“于氐根”为误。又见范书《袁绍传》，为袁绍所败。
杨凤：灵帝时，杨凤受招安，拜黑山校尉。又疑为白波杨奉，见《董卓传》，后从李傕。
郭大贤：据方诗铭《三国人物散论》，疑为白波郭泰。于此，可推初平二年（191年）白波为赵谦、李傕所灭，杨奉归李傕，郭泰入黑山，号“大贤”，后为袁绍所败。
故《九州春秋》有“白波”，而无郭大贤，裴松之不解，以张璠《汉纪》补“郭大贤”之名，范晔又兼而录于《朱儁传》，自此，“白波”与“郭大贤”并立。
平汉：即陶升，见范书《袁绍传》，后归袁绍。
苦蝤：《朱儁传》“蝤”作“唒”。无事迹记载。
大洪：李贤以《朱儁传》之“大计”为同一人，无事迹记载。
司隶、罗市、浮云：司隶应取地名之意，此三人无事迹记载。
缘城：即《朱儁传》之“缘哉”，通鉴从“缘城”，无事迹记载。
雷公：以《典略》可知姓张，无事迹记载。
白爵：疑为《朱儁传》之“白雀”，无事迹记载。
白骑：以《典略》可知姓张，即张晟，亦见陈志《杜畿传》。
白绕：亦见陈志《武帝纪》，为曹操所败。
眭固：即《朱儁传》之“畦固”。亦见陈志《武帝纪》，为曹操所杀。
[①]陈志《张燕传》：各以部众从（张）燕，众至百万，号曰“黑山”。
[②]范书《袁绍传》载袁绍讨伐黑山事，取材于《英雄记》。此条《英雄记》佚文见陈志《袁绍传》裴注引，下同。