为了印证史书的记载，搞清秦人早期的发展过程，2005年开始，甘肃省文物考古研究所会同陕西省考古研究所、中国国家博物馆、北京大学考古文博学院和西北大学文博学院，组成一支早期秦文化联合考古队，在清水、张川、礼县、天水等地进行系统调查。重点了解当地早期秦文化的分布，以及戎人寺洼文化并存的状况，当然包括封邑所在地调查。排除了其它地区作为秦城邑的可能，将调查的重点转移到清水县境内。
　　考古队从牛头河上游秦亭镇开始至红堡段，在40多公里牛头河两岸逐地逐台阶展开拉网式调查，重点对地表遗存的陶片、断崖处暴露出大量灰坑、红烧土及被盗墓葬等进行资料搜集、整理。对南道河、樊河、后川河、白驼河及林家河等各大支流也进行了认真调查。这次普查历时两个月，普查文物点60余处，先秦文化28处，周代遗址主要有李崖、庙崖、秦子铺、泰山庙、柳树塬、下陈村、峡口村等。秦亭这一带地势狭窄，溪流两岸并没有发育较好的台地，只发现较少早期的陶片和文化堆积，设立秦邑的可能性不大。但此地气候湿润，水草丰茂，作为当时的牧马区也是理想场所，应为牧马区。也可能是秦时在交通要道上设置的驿站，于是秦文化课题组将目标锁定在李崖遗址上。 （古城墙遗址）

　李崖遗址位于县城西北牛头河与樊河的交汇处，西临滴水崖沟，北依邽山，台地发育良好，符合城邑的自然条件。面积100万平方米，文化层深厚，遗存十分丰富。2013年3月，清水县李崖遗址被国务院公布为第七批全国重点文物保护单位。山顶古城塬残存城墙长50余米，高1——2米，地表采集到大量西周、汉魏时代的陶片，器形有鬲、甗、瓮、盆等。东、南侧所在区域相当一部分为居民区，从断崖处看，遗存更为丰富，地势更开阔，惜以占用，无法考察。只能从遗址北侧着手勘探发掘。北侧全是农业耕作区，地表有大量陶片，包括史前、商周、汉魏等时期的，断崖处有大量盗洞及灰坑。
　2009、2010、2011年，秦文化联合考古队开始大面积钻探，发掘历时6个多月，发掘面积数千平方米，解剖城址20余米，清理墓葬近30座，出土陶鬲、陶罐、等150余件，灰坑120个，各类标本10000多件。从墓葬出土器物判断，墓葬属于西周中期，于秦非子牧马封邑时代相符；从葬形制看，除4座明清墓葬外，其余15座均头西向，并带腰坑，具有典型秦人葬俗特点。但由于天气原因，野外发掘暂告结束。目前，已进入室内资料整理阶段。据考古队领队、北京大学考古文博学院原副院长赵化成教授讲，确定李崖遗址就是秦非子封邑所在地。当然李崖遗址发掘考古工作还未结束，我们也相信随着考古工作的广泛展开，秦人早期在清水的活动、秦人的迁徙壮大等历史渊源会得到全面的揭示。