历史来看，山东军区的位置一直是战略区的级别。即使在成立第三野战军后，新组建的山东军区司令张云逸是原新四军第一副军长（期间代理新四军军长）、中央委员、华东军区副司令（此位置高于粟裕的华野副司令）的职位兼任山东军区司令员。政委是中央政治局委员、华东局副书记兼山东分局书记康生。

许世友因闹情绪称病不参加淮海战役的可能性不大。
许世友和谭震林率领的华野内线兵团又称华野野战兵团，此时陈毅和粟裕的外线兵团已更名为晋冀鲁豫野战军和东南野战军。在许谭兵团（后称山东兵团）在完成胶东保卫战后展开了大反攻，参加发起了周村战役、潍县战役（胶济铁路）、兖州战役（津浦铁路）、济南战役等。济南战役后，许世友继续回胶东养病，没有参加研究淮海战役的曲阜会议。在此后发起的淮海战役中，山东兵团司令由副司令员王建安代理。此举被许多人解读为许世友装病或与粟裕有矛盾。
其实华野战将们与粟裕有矛盾的不仅是许世友，比较明显的还有宋时轮和叶飞。有种说法是中央当时想以山东兵团为基础重新组建华东野战军，许世友任司令员。由于1948年9月底陈毅和粟裕坚持东南野战军重回山东，才由陈毅任华野司令而使许世友不满，此种说法虽然与许世友回胶东养病的时间吻合（许世友回胶东养病与陈毅的东南野战军回归都是1948年9月底），但许世友在9月24日还在山东兵团宣读嘉奖令，没有参加1949年10月4日召开的曲阜整风会议。显然是在宣读完嘉奖令后就离开了，没有再回来参加会议，应当是因病而非它因。

有人提出曲阜会议整风是针对许世友，其实是错误的。
中央军委1948年10月30日给华东局下令整风的电报很清楚：“漱石同志：自中央子虞电至今已九个月，未寒电至今已两个半月，华野前委书记对于执行中央请示制度及在军队中开展反对无纪律无政府状态反对事前不请示事后不报告经验主义与游击主义的恶劣作风，至今没有表示态度，亦未申明理由，在此问题上失去主动性，落在一切兵团之后，实属不合。你是华东军区及华野全军的政治委员，现责成你传达中央意旨，处理此问题，并以结果告为盼。军委三十亥。”
当时的华野前委书记是粟裕，军委点名严厉批评的主要是粟裕的不请示不汇报，当然也包括粟裕的外线兵团不仅战绩不佳而且内部矛盾较多。事实上整风重点是陈士渠和唐亮第三兵团的3纵、8纵和10纵。而且许谭兵团已在一月完成了三查三整，粟裕的一兵团已在河南濮阳进行了整军，只有陈唐的三兵团需要补课（按陈毅的说法是三纵骄横，一、四、六纵骄傲自大，八纵较好，十纵私自北渡黄河）。显然粟裕当时指挥的外线兵团问题很多。

一纵司令叶飞与粟裕的矛盾由来已久。刘英是红军的高级将领，曾任红一方面军师政委。1935年率浙南挺进师进入浙江，任中共闽浙边临时省委书记兼闽浙边省军区政治委员。临时省委粟裕任组织部长，叶飞任宣传部长兼团省委书记。由于叶飞原为闽东特委书记兼红军闽东独立师政治委员等职，而新的闽浙边临时省委是由刘英和粟裕的挺进师和闽东特委及独立师组成。浙南游击区和闽东游击区双方都有些本位主义、山头主义，在由刘英还是黄道（抗战时被害）担任临时省委书记上发生了分歧，叶飞宣布闽东特委退出临时省委。1936年秋天，刘英以临时省委的名义给粟裕送来一封信，要粟裕乘与叶飞见面的机会，把叶飞押送省委，并派来一支武装监督执行。一天晚饭后，当叶飞和陈挺（闽东独立师团长）参加粟裕宴请时，被缴械扣押。押解途中遇国民党军袭击时逃走。此后叶飞被开除党籍，粟裕在后来的回忆录说：“扣押叶飞同志导致了闽浙临时省委的解体”。刘英于一九四二年任浙江省委书记时牺牲。此事《叶飞回忆录》、陈挺和黄烽回忆录《闽东健儿征战录》、原福建省军区副政委钟大湖回忆录《血火征程》、《大将粟裕》等书中均有不同的记述。一种说法是怪罪于粟裕，另一种说法是粟裕“违心”扣押叶飞，还因叶飞逃跑而得罪了刘英。

指挥发起长山列岛战役。
长山列岛位于辽东半岛与山东半岛之间的渤海海峡中，由南北长山岛、砣矶岛、大小黑山岛、南北隍城岛、庙岛等10个有居民的大岛和22个无居民的小岛组成。1947年10月被国民党军向山东解放区发动重点进攻时被国民党第8军占领，后由海军接防设“长山岛巡防处”。
青（岛）即（墨）战役结束后，山东大陆全部解放，长山列岛成为国民党军在北方的唯一基地，驻军1600余人。有运输舰两艘、炮艇八艘及雷达探测器等设备。
国民党军，以长山列岛为依托，控制渤海湾，不仅时常窜扰沿海地区，破坏渔业生产，而且严重威胁着东北、华北、华东三大解放区之间的海上交通和对外贸易。

1949年6月22日，山东军区以张云逸、康生、许世友、袁也烈的名义，致电华东军区和中央军委：“为便于海上交通、夺取蒋匪北方仅有之海军据点，以巩固国防，建设海防起见，我们拟派队攻取长山岛”。华东军区27日复电同意，并加强第24军72师（师长康林、政委张闯初），协同胶东军区两个警备旅攻取。为加强炮火支援，华东军区调特种兵纵队榴弹炮13团两个营北上参战。中央军委也于30日复电华东军区并告山东军区首长，同意关于夺取长山岛的作战意见。
根据中央军委及华东军区的指示，山东军区由第一副司令员许世友、参谋处处长刘云鹏、政治部秘书长孙晓风、胶东军区副参谋长裴宗澄和北海军分区副政委张加洛组成了前方指挥部，由许世友副司令员统一指挥华东野战军24军72师、24军炮兵团山炮营、胶东军区警备第4、第5旅、特种兵纵队榴弹炮13团和北海军分区地方部队，对长山列岛之敌实施渡海进攻作战。
1949年7月20日，许世友亲临指挥所，命令炮兵部队向南长山岛敌军阵地进行了一次试炮轰击。

8月11日19时，进攻部队分三路从蓬莱登船起航发起进攻，20日长山列岛全境解放。此役共军伤亡224人，共毙敌营长以下200余名，俘敌营长以下1305名，缴获各种舰船10只。
此战首创了“陆军打海军，帆船打军舰”的成功战例。为此后我军用木船渡海，举行更大规模的登陆作战树立了信心和积累了经验。这是解放战争中山东战场的最后一仗，至此山东全境解放。
以上情况表明，许世友养病没有多久就开始指挥解放山东全境的作战，并没有离开战场。