清朝政府经过两次鸦片战争和太平天国运动，接着又在甲午海战中失败，元气大伤，内外交困。黄思永受到洋务运动新思潮影响，认为应该向西方学习，只有兴办实业才能挽回颓势。他把自己的儿子黄中慧送到美国学习英语和科技，后来成了他兴办实业的得力助手。
　　1897年，黄思永向光绪皇帝建议，政府缺钱可以发放债券向民间借贷。光绪采纳了他的建议，次年发行了“昭信股票”，这是中国第一次兴办的债券股票。光绪号召王公大臣、将军督抚、大小文武、候补候选官员带头购买，给老百姓做出榜样。结果因为下面反对声太大，只好半途而废。

1898年，黄思永担任日讲起居注官，掌管记载皇帝言论及其参与的大事。这一年光绪皇帝宣布变法维新，即戊戌变法。黄思永先后上奏，建议实行开放口岸、修建铁路、开采矿藏等现代工商业务。不久，慈禧太后发动政变，囚禁了光绪，变法失败。康有为、梁启超逃亡，黄思永因积极参与变法维新，被株连革职。
　　光绪三十年(1904年)，清政府设立农工商部，特聘黄思永和张骞为顾问。二人共同起草并颁布了《奖励公司章程》《商会简明章程》　以及有关铁路、矿务、商标等部门的章程法规，致力扶持民族工商业，吸引投资者兴办现代化工厂和商行。黄思永经营于北，张骞开拓于南，当时被誉为“南张北黄”和“商部两状元”。
　　黄思永晚年倾向民主革命运动，与黄兴、张静江、李石曾及李大钊往来密切。1914年，黄思永病逝于上海。
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