当皇帝去世时,拜占庭人已经控制了大部分的意大利,北非以及西班牙南部的一个小立足点。史学家认为查士丁尼的再征服超出了限度,使之被穆斯林征服埋下祸患,而亟待查士丁尼诸继任者解决的问题:帝国经济本质上的平民性质,使扩军变得艰难。
在东罗马帝国,巴尔干奴隶的缓慢渗透给查士丁尼的诸位继承者留下了进一步的难题。问题逐渐开始,但到了540年左右,斯拉夫部族已经占据了色雷斯和伊利里库姆(英语:Illyricum (Roman province)),并于551年在亚德里亚堡附近击败了一支帝国军队。在560年左右,阿瓦尔人(Avars)从他们多瑙河北岸的基地扩张;在6世纪晚期,阿瓦尔人成为中欧的主导势力之一,并像常例一般有能力迫使拜占庭帝国向其纳贡。阿瓦尔人将他们的强劲势力保留到796年