法王腓力二世与英王理查一世及后不和，腓力以国内发生纠纷为借口，途中返回法国，最终只剩理查孤军力战萨拉丁。萨拉丁进行了顽强的抵抗，双方互有胜负，最终达成停战协议。

第四次十字军东征
1202年，教皇英诺森三世发起了第四次十字军东征（1202年 - 1204年）。最初的目标是埃及，后来受威尼斯的利诱，改变了军事计划，攻占了君士坦丁堡，掠夺并屠杀达一星期之久，拜占庭帝国的大部分土地也被攻克，并建立了拉丁帝国（1204年 - 1261年）

1204年，法国国王腓力二世兼并了诺曼底公国的全部领土，法英交恶。1215年，英格兰贵族强迫英国国王约翰签订《大宪章》，要求王室尊重司法过程，接受王权受法律的限制。约翰无意遵守，随即爆发内战。次年约翰病逝，内战停火

十字军讨伐阿尔比派
教皇英诺森三世曾经屡次想要同化基督教派阿尔比派，但最终还是失败。1209年，英诺森三世发起了“阿尔比十字军”（Albigensian Crusade），讨伐整个法国南部的阿尔比派。此次暴力镇压经历20年（1209-1229）。自此，阿尔比派全被异端裁判所除灭[外 20][外 21]，至14世纪末期，该派逐渐消失。

儿童十字军
1212年，传说教会在法国和德意志组织儿童十字军东征。有学者认为参与者其实多为流浪人员。

第五次十字军东征
教皇英诺森三世生前发起，1218年开始的第五次十字军东征（1218年 - 1221年），以埃及阿尤布王朝为进攻目标。1219年攻占埃及杜姆亚特（Damietta），1221年由于尼罗河水泛滥被迫撤退。

几乎于此同时，1219年至1221年，成吉思汗发动第一次蒙古西征，灭穆斯林花剌子模王朝，令伊斯兰世界两面受敌。

第六次十字军东征
第六次十字军东征（1228年 - 1229年）仍然以埃及阿尤布王朝为进攻对象。神圣罗马帝国皇帝腓特烈二世通过军事压力和谈判，为耶路撒冷第二王国取得耶路撒冷、伯利恒和通往地中海的走廊。但是到1244年耶路撒冷再度被流亡的花剌子模穆斯林占领。 1236年—1241年，成吉思汗长子术赤的次子拔都率领蒙古军团向高加索、东欧、中欧进行第二次蒙古西征，建立金帐汗国。

第七次十字军东征
法王路易九世发动第七次十字军东征（1248年 - 1254年），进攻埃及阿尤布王朝，被埃及马木留克奴隶兵团击败，路易九世被俘，1250年以大笔赎金赎回。阿尤布王朝也于1250年被马木留克王朝取代。

1252年至1260年，成吉思汗四子拖雷的三子旭烈兀率领10万蒙军进行第三次蒙古西征，灭巴格达末代阿拔斯王朝哈里发，大有把西亚穆斯林势力连根拔起之势，之后蒙古征服者建立了伊儿汗国，继续准备西征，近东伊斯兰世界的存亡岌岌可危。

第八次十字军东征
1270年，此次东征由法王路易九世领导，进攻突尼斯穆斯林哈夫斯王朝。路上发生流行病，路易九世染病身亡，军队撤退。

第九次十字军东征
第九次十字军东征，有时也被合并成第八次东征的一部分。由英格兰王储爱德华王子于1271及1272年发动。他获知法王路易九世在西线失败之后，率军渡海在巴勒斯坦阿卡登陆，企图从东线进攻。初期爱德华获得了军事上的胜利，但最后由十字军已经严重地失去对战斗的热情，内讧连连，无法调和，最后与穆斯林缔结和约、黯然回乡。

此后，十字军在东方的领土逐渐落入穆斯林手中。1291年，最后一个据点阿卡（今以色列北部城市）被埃及马木留克铁骑攻陷，耶路撒冷王国灭亡。

北方十字军入侵
北方十字军战役是由丹麦和瑞典信奉天主教的国王，德意志的宝剑及条顿骑士团和他们的盟友针对北欧波罗的海东南部，信奉异教的立陶宛发起的十字军战役。瑞典和德意志为反对俄罗斯的东正教徒而发起的战役，有时候也被认为是北方十字军战役的一部分。[外 22]这些战争中的一部分在中世纪时就被称为十字军战役，但是其他部分，包括大部分的瑞典的部分，到19世纪才第一次被浪漫民族主义历史学者称为十字军战役。波罗的海东部因为军事征服而改变：首先是利沃尼亚人、拉特加利亚人和爱沙尼亚人，然后是瑟米利亚人、库尔兰人、普鲁士人和芬兰人，都被丹麦人、德意志人和瑞典人合伙击败、洗礼、占领，甚至有时候灭绝。

最后一次十字军
1390年，奥斯曼土耳其军队进攻拜占庭帝国。拜占廷皇帝曼努埃尔二世向罗马教皇发出呼吁，请求支援。受此请求，教皇博尼法斯九世呼吁，由神圣罗马帝国皇帝西吉斯蒙德和法国勃艮第公爵组织了最后一次十字军远征，由勃艮第公爵的儿子无畏的约翰统率。1396年9月28日，最后一支十字军队伍在尼科堡战役中被土耳其军队打败。