第一部，战国。阿萨辛和甜不辣，中国历来有之，中国春秋战国时期有很多刺客就是一个证明。秦国是个小国家，得到了圣殿甜不辣的支持，商鞅上位开始变法，秦国称霸诸雄

各国组成联盟，刺客张仪，苏秦成为领袖，一起对抗秦国，之后荆轲刺秦王失败，刺客组织失去六国信任，联盟分崩离析，秦国也找到了骊山上的伊甸神庙和伊甸圣器，趁势一统天下，灭了六国。刺客被迫转为地下组织。

第二部，楚汉。得到神器的始皇思想转变，认为圣殿骑士的存在威胁到了自己万代帝王的美梦，下令焚书坑儒，收天下之兵铸以为金人十二，大肆发动对圣殿的屠杀，圣殿从无限辉煌的神坛坠落，也转入地下组织。

圣殿和刺客开始与之前六国遗老再次合作，圣殿主要辅佐楚国的项氏一族，刺客则在民间发展，包括张良和韩信。之后刺客支持陈胜吴广起义，万物皆虚，万事皆允的信条变成了王侯将相宁有种乎。陈胜吴广失败后，刺客张良找到了刘邦，就辅佐刘邦起义，最后和圣殿项羽灭了秦国。项羽进了阿房宫找到伊甸圣器后，出于对始皇背叛的愤恨把阿房宫焚之一炬。

之后刺客组织刘邦，和圣殿组织项羽围绕伊甸圣器开始楚汉大战，项羽兵败如山倒，刺客大胜，刺客组织辉煌到了极点。