孝文帝改革的重头戏，是想把首都平城（今山西省大同市）迁往洛阳。但如果强行下诏迁都，必然阻力重重，甚至会激发政变。孝文帝亲力亲为，不动声色进行周密部署和安排，准备造成在南伐途中趁机迁都洛阳的既成事实。万事齐备后，孝文帝召集百官宣布要亲率大军讨伐南齐。元澄不知就里，在“群臣莫敢言”的情况下独自公开跳出来唱反调，几乎毁了孝文帝的千秋大业。孝文帝把元澄单独召到宫中面谈，开诚布公说明南征的原因和迁都的必要性。元澄吓出一身冷汗，立即赞同迁都。孝文帝得到元澄的表态，底打消顾虑，称赞他：“您真是我的张子房啊！”
元澄在刀尖上跳了一回舞，侥幸留得性命，从此大彻大悟。他随孝文帝大张旗鼓南征至洛阳，按预定计划确定迁都后，身负孝文帝重任，回平城召集文武百官通报并解释迁都事宜。朝臣们在平城都有既得利益，突然“闻诏迁，莫不惊骇”，人心惶惶，极力反对，群情汹汹。元澄顶住重重压力，舌战群儒，“援引今古，徐以晓之”，最终说服大家赞同迁都。元澄回洛阳复命后，孝文帝非常欣慰，高度评价他：“如果没有您鼎力支持，朕就无法成就大业了！”
迁都洛阳，仅完成了孝文帝全盘汉化的地理任务。如何稳妥安置随迁洛阳的北魏旧臣和权贵，才是最重要的政治任务。元澄被孝文帝任命为吏部尚书，全权处理这些旧臣和权贵的安抚工作。他顶住重重压力，秉承公开公正原则，为数以万计捧着铁饭碗不干活的官员制定出考核标准，分三等考评。考评成绩优等者，马上提拔任用；成绩中等者加强监督诫勉，考核下等者进懒政学习班回炉。所有被考评者都对考评结果心服口服，北魏吏治为之一新。
元澄对北魏的贡献远远不仅于此。他凭借卓越的军事家眼光和胆识，为孝文帝做出过特殊贡献。一是南齐的雍州刺史想献出属地归附北魏，孝文帝打算亲自南下接收这块天上掉下的烧饼。元澄极力反对，与支持孝文帝南下者进行过几场激烈辩论。孝文帝拍板“驾遂南伐”，最终无功而返，对元澄刮目相看；二是恒州刺史穆春企图谋反，元澄奉诏率部“倍道兼行，出其不意”包围了叛军队伍，将百余名谋反分子一网打尽，上奏朝廷。孝文帝“览表大悦，召集公卿以下以表示之”，赞不绝口夸元澄：“任成王不愧是社稷良臣！他审的案子，即便是上古的皋陶来审，也不会超过他！”于是专程慰问元澄。元澄把一百多名谋反者带到孝文帝面前，允许他们伸冤。百余谋反者竟“无一人称枉，时人莫不叹之。”