到1868年初，小洛佩斯仅有8000人的军队。然而阿根廷已经难以承受持久的战争，曾经声称3个月解决巴拉圭的巴特洛梅·米特雷将军回到了布宜诺斯艾利斯。佩德罗二世任命自己的武装部队司令卡西亚斯担任同盟军总司令，实际上所谓同盟军已经基本等于巴西军。
1868年8月，急于结束战争、恢复和平的卡西亚斯将军聚集了3.2万人巴西军队，开始进行最后的进攻。12月，小洛佩斯只剩下了3000人。1869年1月，巴西军队终于开进了巴拉圭首都亚松森。卡西亚斯将军自己也已经精疲力竭，身患疾病，他不希望对残留的巴拉圭老弱妇孺进行报复，辞去了总司令职务。

佩德罗二世的皇位继承人伊莎贝尔公主的丈夫德乌伯爵接任了盟军总司令一职，对逃进深山的小洛佩斯进行清剿。1870年3月1日，巴西人终于歼灭了小洛佩斯率领的，由老人、孩子、伤病员组成的残军，将拒不投降的小洛佩斯打死，标志着这场战争终于正式结束。
巴西人很快就对巴拉圭人口进行了调查，1871年的调查结果是总人口221079人，其中妇女106254人，儿童86079人，男人仅为28746人。由于战争造成的男人数量太少，巴拉圭女人展开了一场争夺男人的新的“战争”，大量私生子经过两代人快速恢复了人口，然而，那时候的巴拉圭男人据说也特别懒惰，似乎拥有女人就等于拥有了可以驱使的劳动力。

对于巴西来说，虽然从巴拉圭割取了一部分领土，但巴西本国经济、社会、政治由于这场战争而受到巨大冲击。本来，巴西与英国处于绝交状态，由于战争需要，佩德罗二世与英国恢复了外交关系，从英国以及法国进口了战争物资，战争结束后欠下了大量债务。这些债务不得不依靠以咖啡为主的农产品出口偿还，巴西已经向交通、运输、制造转化的工业化进程受到严重影响，最重要是巴西传统的咖啡种植获得空前繁荣，使得整个国民经济发生农业化逆转，庄园经济发达，农业（咖啡、橡胶、棉花、葡萄酒）资本主义成为巴西社会的基础的和主导力量。巴西在战争中伤亡了5万人，由于战争对兵员的需求，不得不武装奴隶并给予解放回报，奴隶制受到严重冲击，巴西进入到了解放黑奴的高潮阶段。由于从巴拉圭割取的领土而获得了向玻利维亚扩张的通道，从而激发了巴西进一步扩张领土的野心。

尽管佩德罗二世不断让步，但军人阶层空前强大，共和主义兴起，巴西在战争后走上了取消君主制度的道路，并终于在1889年11月由军队主导建立了共和制度。由于种植经济的需要和广袤的土地可供开垦，巴西进一步成为了巨大的移民涌入国家，1872年巴西人口为990万人，1890年已经有1430万人。
巴拉圭战争与略早的美国南北战争比较，对于巴西来说，表面具有很多相似性，比如同样形成了大规模解放黑奴的运动。但导致的历史走向则差别极大，南北战争促使美国工业化进程得到深化，进入到高速工业化阶段，巴拉圭战争则使巴西的农业化得到巩固。当最具有大规模工业化基础的巴西如此，就影响到了整个拉美。今天流行的所谓“拉美化”现象，实际上在巴拉圭战争后就已经启端。

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