19世纪，在比利时，许多象牧羊犬的本地犬种形成多种毛色和被毛类型。1891年前后，一位名叫A.reul的兽医为了制订比利时牧羊犬的品种标准，收集了100头以上比利时牧羊犬的资料并采访了它们的主人。当犬被集中在一起时，他发现这些犬的类型不同。

1898年，在格伦能达城堡，黑色长毛的比利时牧羊犬被叫为格伦能达犬；同时，在拉肯的皇家城堡内，玛丽-亨瑞特皇后将黄褐色的毛线状被毛的比利时牧羊犬叫做拉肯努阿犬。目前，拉肯努阿犬的数量最多。在马里地区，呈浅黄褐色、红色或红褐色且毛色极短的比利时牧羊犬被命名为马里努阿犬。在特佛伦附近，一个啤酒制造商培育出一种浅黄色的长毛比利时牧羊犬，这就是最后一个比利时牧羊犬——特佛伦犬。因此，比利时牧羊犬是以被毛的类型和颜色进行命名。

1914年，第一次世界大战爆发，许多有志于比利时牧羊犬的犬主努力结果遭到破坏，致使比利时牧羊犬的繁殖规定没有被很好地执行，同时，对犬的认证也忽视了犬被毛的颜色类型，这就导致在同一窝犬中出现不同类型的仔犬，而且这些仔犬没有遗传其父母的特性。

大约20年后，比利时牧羊犬又一度开始兴旺起来。当然，第二次世界大战的爆发又造成一部分有价值血统的丢失，值得庆幸的是这次丢失没有第一次世界大战多。

在第一次世界大战结束前，很少有人知道比利时牧羊犬。只有当聪明的比利时牧羊犬作为勇敢的传令犬、战地救护犬被人们传颂时，人们才认识到它。这个品种得到人们的认可较慢，而且长毛品种变的很流行。

1912年，比利时牧羊犬第一次被AKC（美国养犬俱乐部）登记注册，直到1959年AKC才将比利时牧羊犬分为不同的品种。在AKC的规定中，马里努阿犬和特佛伦犬仍保持它们最初的名称，而格伦能达犬则被重新命名为比利时牧羊犬，拉肯努阿犬不被承认。BKC（俄罗斯养犬俱乐部）只承认所有的比利时牧羊犬是一个单独的品种。已经承认比利时牧羊犬的俱乐部有：AKC，ANKC（澳大利亚国家养犬委员会），CKC（加拿大养犬俱乐部），FCI（世界养犬联合会），KC（英国养犬俱乐部，伦敦），UKC（联邦养犬俱乐部，美国）。