方孝孺案是整个朱棣屠戮建文遗臣中争议最大的一件，而其中的焦点就是十分著名的“诛十族”说，要弄清楚这个问题，我们有必要看看关于方孝孺案记载的演变是怎么回事。
明朝官方最初对于方孝孺结局的定位正如上一节所言，将方孝孺塑造成了一个泥首乞哀的小人形象，是一个怕死的懦夫。然而这种完全站在朱棣这个胜利者立场上的记述当然是靠不住的。实际上，方孝孺的门人在永乐年间受到了大量株连，方孝孺自己的著述也遭到禁绝。对此，《明英宗实录》在时过境迁之后记载了当时的情况：

永乐初，严治方孝孺之党，庶吉士章朴与（杨）善同坐事。朴言家有孝孺文集，善即借观，密以奏闻，遂戮朴而复善官。[1]
虽然这段记载主要是贬损杨善，但也从一个侧面反映出永乐年间对方孝孺的禁忌之深，私藏其文集都是会惹来杀身之祸的。倘若方孝孺真的如《奉天靖难记》与《明太宗实录》记载的那么不堪，这种情况的出现无疑就很不合理。

第一位开始还原方孝孺殉难情况的人正是明英宗复位后天顺年间的内阁首辅李贤，他在《天顺日录》中第一次尝试还原方孝孺殉难的情景：
文庙过江之日，初即位，欲诏示天下，问姚广孝举代草者，曰：“必须方孝孺。”召之数次，不来。以势逼之，不得已，孝孺持斩衰而行见。文庙即命草诏，乃举哀大哭曰：“将何以辞？”敕左右禁其哭，授以笔，既投之地，曰：“有死而已，诏不可草。”文庙大怒，以凌迟之刑刑之，遂夷其族。[2]

李贤身处的天顺年间，《天顺日录》的写作处于天顺至成化年间，正值明英宗朱祁镇释放被长期囚禁的朱允炆次子“建庶人”朱文圭，政治环境有所松动，加之距离朱棣的永乐年间不过数十年，故而奇迹在有相当的可靠性，李贤也说自己是经过“考阅”才写下这段记载的，无疑也说明了其可靠性。在李贤的记载中，朱棣让方孝孺为自己起草《即位诏书》，方孝孺坚决不从，一心求死等日后关于方孝孺案记载的基本情节此时都具备了。但在关键的屠戮范围上，李贤仅仅记载是“夷其族”，并没有提到“三族”、“九族”乃至“十族”。

对于李贤的记载，成书于此后的成化至弘治年间宋端仪所著《立斋闲录》中在引用的基础上又进行了补充。宋端仪首先对李贤的记载表示了怀疑，“此一段未甚得其实”，但因为他所处的时代无法掌握比李贤更为可靠的记载，因此也只能“姑存之”。[3]其后，宋端仪又尽自己所能对方 孝孺案的细节进行了补充，他记载方孝孺留下了一首绝命词：
天降乱离兮，孰知其由。
三纲易位兮，四维不休。
骨肉相残兮，至亲为仇。
奸臣得计兮，谋国用猶。
忠臣发愤兮，血泪交流。
以此徇君兮，抑又何求？
呜呼哀哉，庶不我尤！[4]

除了这首绝命词，宋端仪还查阅了南京锦衣卫镇抚司的监簿，“除前编缺坏外，所存簿籍载正学宗族抄扎人口有八百四十七人”，后面还记载了一些方孝孺宗族内的具体受株连人员“族叔文度、文恭、海、敏，族姪諒、经、良，族弟希定、希崇、希用、希善，族姪孙起宗、起成、起莊、小局、居安，族 崇俭 等”[5]，为我们进一步提供了非常原始的资料。以上就是明初关于方孝孺案的记载，直到此时，虽然已经逐步还原方孝孺一案株连广泛，屠戮凄惨的情况，但还未出现“诛十族”这种耸动的提法。

那么，“诛十族”的说法究竟诞生于何时呢？就目前所能见到的史料来说，这一说法最早见于正德年间祝允明（1460-1527）所著的《野记》（又名《枝山野记》）中：
文皇既即位，问（姚）广孝谁可草诏？广孝以方（孝孺）对，遂召之。数往返，方竟不行。乃强持之入，方披斩衰，行哭。既至，令视草，詈不从，强使搦管，语益厉，曰：“不过夷我九族耳！”上怒云：“吾夷汝十族。”左右问何一族？上曰：“朋友亦一族也。”于是尽其九族之命而大搜天下为方友者杀之。[6]

这段记载见于“国朝典故本”四卷本《野记》的第二卷，而在摘选四卷本完成的一卷本《野记》中则并没有这段文字。可以看出，祝允明在李贤的基础上进一步晚上了方孝孺案的记载，后来流传故事中方孝孺坚决不同意替朱棣草诏，在激愤之下说出“不过夷我九族”，结果促使朱棣说出“吾夷汝十族”，结果最后把方孝孺的朋友也算为一族而大家杀戮等情节已经基本完善了。考虑到一个故事的发展必然经历了一定的过程，因此可以合理的认为“诛十族”说正是诞生于李贤之后的弘治至正德年间。

他还进一步评论了各类史料的优势与局限性：
虽然国史人恣而善蔽真，其叙典章、述文献，不可废也。野史人臆而善失真，其证是非、削讳忌，不可废也。家史人腴而善溢真，其赞宗阀、表官绩，不可废也。[8]

王世贞的这段话对于我们如今辨别史料仍旧有着积极的意义，而当我们审视与祝允明同时代或相近时代的人所写的著作时也能发现，他们对于“诛十族”说也是有的采纳有的不采纳，即便采纳的，其记载也和祝允明并不一致。同样成书于正德年间的黄佐所著《革除遗事》中虽然记载了方孝孺案殉难人数为八百四十七人，但并未记载“诛十族”：
文庙登极，欲诏天下，问姚广孝举代草者，曰：“必须方孝孺。”数召不往，迫之，乃斩衰而见，命草诏，曰：“有死而已。”遂就戮……时年四十六，宗族坐死者八百四十七人。[9]

稍后成书于嘉靖初年姜清所著《姜氏秘史》中，关于方孝孺一案有两段记载，虽然提到了“诛十族”，却没有详细记载其内容，第一段记载为：
既而姚广孝荐之草诏，文庙遣召，数回，竟以衰服往，投笔恸哭不能止。文庙不悦而诏之，辞益厉。既而曰：“若称周公，成王安在？”命割其舌。孝孺含血犯御座，文庙大怒，磔之，詈至死，遂诛其宗亲八百四十七人，焚夷方氏墓。[10]

第二段记载为：
先是，燕邸南下，姚广孝请曰：“殿下至京，须全方孝孺，杀此人则天下读书种子绝矣。”上纳之。既至，建文帝亡去，遂召孝孺问曰：“我以周公匡成王而来，成王不在，当议所立。”对曰：“殿下既以匡王室而来，成王不在，当立成王之子。”忤旨，因有灭十族等语。上大怒，即收捕其族党，尽诛之。[11]

综合姜清的两段记载，他记载殉难者八百四十七人和“诛十族”两点，同时补充了姚广孝对朱棣说必须保全方孝孺等话，但他并没有说清楚所谓“十族”的具体范围，可见直到这时，到底什么是“十族”尚无一个准确的说法。比姜清还要晚些的嘉靖中期陈建所著《皇明通纪》中虽然详细记载了朱棣和方孝孺关于“十族”的对话，但情节却和祝允明大不相同：
及靖难师驻金川门，宫中自焚，孝孺即持斩衰服，昼夜号哭，为镇抚伍云等执以献。孝孺不屈，乃系狱。遣人谕旨，终不从。既而，议颁即位诏于天下，问左右谁可代草者，皆举孝孺。乃召出自狱，斩衰而见，悲恸不止。上降榻，慰谕之曰：“我家事耳。先生何良苦？”又曰：“先生为我作诏。”命授以纸笔，孝孺大书数字，掷笔于地曰：“死即死耳，诏不可草。”上大声谓曰：“汝焉能遽死，朕当灭汝十族。”令复系狱以俟，乃据其宗支，尽抄没之，宗族坐死者八百四十七人，妻郑氏与诸子皆先自经死。[12]

在陈建的记载中，并不是方孝孺主动提出“灭九族”，而是明太宗主动提出“灭汝十族”，而且朱棣也没有明说将方孝孺的朋友、学生算为一族，而是“据其宗枝，尽抄没之”。以上就是关于方孝孺案记载在明朝中期的演变，此时虽然已经出现了“诛十族”的说法，但关于其内含则没有一个统一的说法，各种著作采纳的程度也不一样。这一局面到了明朝后期有发生了变化。
在《皇明本纪》的基础上，到了嘉靖后期，郑晓在《吾学编》中对于方孝孺一案的记载进行了综合性整理，形成了较为成熟的方孝孺被杀情节：
建文君逊去，文皇以姚广孝言，召用方孝孺，不肯屈，繫狱。一日，遣人谕再三，终不从，又召方孝孺草诏，及见，悲恸彻殿陛。文皇降塌劳曰：“先生无自苦，余欲法周公辅成王耳。”孝孺曰：“成王今安在？”文皇曰：“渠自焚死。”孝孺曰：“成王即不存，何不立成王之子？” 文皇曰：“国赖长君。”孝孺曰：“何不立成王之弟？”文皇又曰：“先生无过劳苦。”置左右授笔札，又曰：“诏天下，非先生草不可。”孝孺大批数字云云，投笔于地，又大哭且骂曰：“死即死，诏不可草！”文皇大怒，命磔诸市，孝孺慨然就戮……时年四十六，复诏收其妻郑，郑先已自经死，宗族坐死者八百七十三人。[13]