以上是猜测。

猜测来自于一本小说帝御仙魔，是 本权谋，争霸题材的小说。其中公子扶苏做为一个前世的传说背景而出现。
先介绍扶苏之死而暂时省略了李斯赵高等人。最后才把扶苏之死原因说出。也许是为了突出这个历史人物的悲剧性吧。
一开始是清雅高贵的公子心怀天下，却要被自己的父亲赐死。后来的章节才说明扶苏的死因。就是把一段历史两极化，前部分极力突显公子为家国社稷而惨遭赐死的悲壮。
后面才将扶苏之死背后的阴谋和盘托出。总之作者这么写的确花了心思去构思。
正因为在小说里这段历史的前半部分着重写了扶苏直面始皇帝诏令的郁郁不得志，黯然伤神。不由让人疑问始皇帝为什么要杀扶苏，扶苏为什么值得始皇帝非杀不可？
显然始皇帝要杀扶苏不是真的，但扶苏却对此深信不疑。扶苏为什么深信不疑，以这种争霸文的角度来看，只能是扶苏具备了始皇帝也要忌惮的权势。
始皇帝不可能为继承者杀扶苏的理由。始皇帝在位期间完全忽视了继承人这件事，但凡有点安排李斯赵高的计划都不可能成功。
正因为这种疏忽才造成了秦朝的政治内乱。但凡始皇帝上心一点都不可能是这种结果。
从记载来看，秦朝的公子们都不曾闻名后世，大约秦朝的公子们都不在政治权力的中心。不然史籍绝不会吝啬笔墨，连公子扶苏的生母都记载不详。
所以为继承者杀扶苏不只后世的我们觉得不可信，估计在当时也是不可信的。始皇帝一人的光芒就已经盖过了他的后宫子嗣。
他在位期间 ，没人敢言后事。始皇帝一直有长生不老的野望。始皇帝只要还活着为继任者杀其他子嗣的行为，就是连当时整个秦朝都不会相信的笑话。
一个追逐于长生的君主是绝不会有这种安排和布置的。有这种布置就不会有伪诏书生存的空间。当时始皇以死说是临死前的安排也合理，但当时李斯赵高宣称始皇在世，在始皇没死的前提下就显得很荒缪。
所以唯一的可能就只能是扶苏与秦始皇之间本就有故事。不是你死我活，却必定针锋相对，不弱与始皇。只有如此扶苏才会信始皇帝有杀他的决心。
不然赐死扶苏何必定要假称始皇诏书。只这一点也证明了只有始皇帝的意志才能确保在诛杀扶苏后可以压下所有的后果，只有始皇帝有这个威望。
因李斯赵高之祸死去的公子不只扶苏一人，可史籍上连记一笔的资格都没有，可见其中的差别就是因为权势。

另外帝御仙魔是一本以唐朝历史为蓝本的平行世界的争霸小说。扶苏是主角的前世是上上辈子的事，真的就是个背景板，篇幅很短，不过有兴趣的，可以耐着性子看。

我猜测扶苏有不弱于始皇帝的威望和权力，并不是超过，那样皇帝应该是扶苏了。
我猜测扶苏有一套自己的思虑成熟的治国理念。
我猜测他们父子之间有过一场关于理念的针锋对麦芒的交锋。
另外我知道始皇与扶苏应该都不是单纯的法家或儒家的崇尚者。
始皇容不下儒家不会让自己的儿子学儒，同样扶苏不接受法家恐怕早已不是秦人。
每个太子从出生开始所具有的一切权力都是皇帝赐予，但继承人对当代皇帝的威胁也是显而易见的。
不然没办法解释，汉武帝，唐太宗，康熙三位富有圣名的君主，他们的太子都出事了。
事实上只要是继承人就避不开培养自己班底的问题。从这一点上每一位太子都是天然的势大，具备威胁到自己父亲的地位。
我并未说过扶苏愚忠，你多虑了。只是这种皇位继承人的地位，两父子应该都明白（只是始皇没有想过身后事，没有胡思乱想而已）。
当时李斯赵高一直宣称始皇没死，所以扶苏因该是以为始皇在排斥他政治上的地位，所以才自尽。
我说了那么多，其实只是想证明在政治上扶苏的确可以被当做“权臣”彻底的防备。
尤其是以法治国的始皇绝对有理由这么做。
因为法家韩非子的学说就有提醒君主小心妻子，儿子，朋友等身边的所有人。在韩非看来这些人都是君主需要防备小心的对象。以这种做法可不就是名副其实的孤家寡人。
扶苏明白自己会受到猜疑，因为他的确有危害，但是他没理由不信始皇会治理好国家，既然最重要的事已经可以托付，那么没理由不能退让，退一步就是死。
李斯赵高只是明白了父子之间的关系，才能以一封诏令杀人。说到底扶苏只是以为杀他的是始皇。而他不反抗始皇的原因，只是因为他的政治理念和他自身的追求，跟愚忠没什么关联。

可以打个比方，公子扶苏其实是仙人转世（或者神仙下凡哪个能接受就信哪个吧）具备不凡的神通和手段（以现实比就是智慧，魄力与治国的方法和理念）
因为是仙人转世有卜算能力（政治远见），所以提前知道大秦当有一劫。要渡此劫只能借大秦的国运（嬴政的权势）
但是公子本身是清风明月一般的仙人（品行高洁），怎么能夺凡间帝王的气运，那是他辛苦打下的江山，苦心经营的结果。
欲渡苍生之劫非帝皇气运不可，得帝皇气运就要夺得父亲的帝位。帝并非不知公子神奇有种种不可思议的手段（成熟的治国理念可以代替君王治理国家）。
但理智的思量之后，帝更确信公子虽神奇，但与他无害。不是不忌惮，只是更自信自己的能力并为公子的仙人品性所打动。终究不曾加害。
当然帝更不信所谓有大劫生，所以也不信公子之能，只觉得太过仁慈终究不是为帝之道。
因为帝不曾加害，所以公子也不会害帝的大秦。当国有二主时，自觉出局，以成全大秦，成全天下。
帝很自信，他没理由不自信，公子清楚这一点，所以很放心天下交给帝。但公子不知道的是帝已死，风华绝代，千古一帝终敌不过岁月。这是意料之外的变化。公子得之已在天界，再不是帝子（死）。
当然历史中是不会有仙人这回事的。这就是一个在权力顶峰，以及正在成为新的权力顶峰，两个至高掌权者之间的对弈与默契。
帝之死与那两个逐利的小人，只是个意外与偶然。
当然这也是脑洞，是我的想法。