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1963年（昭和38年）初夏横滨
女高中生松崎海，为纪念在朝鲜战争中遭遇水雷身亡的船员的父亲，每天早上都在院子里升旗
海的高中的学级报纸上匿名刊登了“举旗少女”的诗
海的高中，男子文化社团所在的拉丁楼已经老旧，其存留引起争论。
海认识了有着反对拆毁主张的风间俊，两人产生了淡淡的恋慕之情。
海向俊提议大扫除，于是高中开始了大扫除作战。
在给住在虞美人庄园的北斗小姐的迎送派对上，海给俊看了父亲与父亲两位朋友的照片，之后两人突然变得疏远。
海问起此事得知，俊也有同样的照片，海的父亲和俊的父亲是同一个人，俊调查了户籍后，发现两人是兄妹。海陷入了低谷。
校方还是决定拆毁拉丁楼。
海、俊和学生会长水沼决定，三人一起作为学生代表前往东京，与学校的理事长谈判，请求理事长参观拉丁楼。
海不曾注意到，俊每天早上乘坐养父的拖船通过时，在船上升旗，响应海的信号旗。
海坦白，即使是兄妹，海也一直喜欢着俊，俊也回答喜欢海。
海回到家，刚从美国回来的母亲在等着海。母亲说俊不是海的哥哥，而是父亲从因撤船事故而去世的朋友立花（照片上的朋友中的一人）那里领回的孩子。立花的妻子生了俊突然去世，父亲把失去亲人的俊作为自己的孩子申报给了zf。但是，当时刚拥有大海的父母也没有养育俊的余力，把俊交给了父亲认识的俊的养父。听到这句话的大海，在母亲的心中不停地哭泣。
理事长按照约定访问了拉丁楼，与学生们产生共鸣，约定保存拉丁楼。
俊的养父告诉俊，知道实情俊人路过这里，海和俊赶到了港口的大型船上。船长就是海的父亲和俊的父亲以前的挚友，是照片上的第三个人物，小野寺善雄。
听了小野寺的详细说明后，两人笑着并肩。
海像往常一样升起旗，这次不仅是父亲，俊也希望能从船上看到。