1、肛门直肠四面脓肿破溃或切开多在肛门外，脓液从外口流出，但原发被传染多在肛窦。肛窦则是继发被传染的门户，反复被传染，产生瘘道。
2、直肠内有一定的压力，将直肠被传染物质如粪便、气体，可经常不断地从内口进入瘘道，刺激腔壁，继发被传染后由外口排出，也是导致瘘道的主因。
3、肛瘘有原发性内口、瘘管支管和继发性外口，内口即被传染源的入口，多在肛窦内及其四面后正中线的两侧，多见但也可在直肠下部或肛管的任何部位，瘘管有直有弯。少数有分支外口即脓肿溃破处或切开引流的部位多位于肛管四面皮肤，由于病原菌不断经内口进入管道加之管道迂曲行走于内外括约肌四面管壁，由纤维组织构成管内有肉芽组织故经久不愈。
4、一般单一性肛瘘只有1个内口和1个外口，这类肛瘘临床上最多见若外口暂时封闭，局部引流不畅则又逐渐发生被传染再次产生脓肿。