目前房缺手术有几种：外科：开胸缝合、腋下小切口缝合。内科：金属封堵器、可降解封堵器。
内科手术的风险是：金属封堵器会伴随终生，术后有一种叫心脏磨蚀的并发症，是因为安装后心脏与封堵器位置不合适，引发感染，一旦出现会很凶险。成功的情况叫内皮化 就是心脏长出来的肉把封堵器包住了。
可降解封堵器目前在试验阶段，大多数国内大医院已经有成功案例，材料通俗讲是一种可吸收材质，有点类似肉线的材质。未来技术成熟时可以考虑。
外科手术的风险是：开胸手术会胸骨劈开，儿童未来有鸡胸风险。开胸和小切口手术都需要做体外循环，心脏停跳下进行，小切口手术比较美观，但是手术难度较大。
外科手术在阜外做一般都是心脏停跳，有的个别人会出现心脏不复跳，需要安装起搏器。
临床上一般低于5毫米的房缺未产生肺动脉高压的可以观察不手术，大于5毫米的个别会有愈合的，但是概率极低。房缺造成的主要伤害是肺脏和全身发育不良，所以尽量在6岁前手术。不及时手术，病情恶化会造成终生的肺动脉高压，呼吸困难。如果医生建议手术，家长一定要下决心手术。
房缺手术目前来是心脏手术中最简单的，外科手术在北京阜外成功率接近100%。