土壤次生盐碱化
由于长时间过量使用化学肥料，使土壤中不断积累盐分，尤其是硝酸盐的积累。
这些盐分聚集到地表，形成土壤表层次生盐碱化，这一现象的产生会影响种子发芽出苗，阻碍养分吸收，作物生长。

农作物连作造成的“重茬”---土壤病
在土壤当中连续种植一种或者同科作物，由于该作物所需要的中微量营养元素在种植过程中连续被吸收而缺乏，土壤中的微量元素不能保持平衡状态。
也使相应的某些病菌得以连年繁殖，还有前茬作物根系的分泌物因累积成为有毒物质而形成病土，导致死棵烂苗。

耕作层变浅
农田由于长期的机械耕作碾压和人工作业，致使农田土壤耕作层变浅，而有效的活土层仅有15公分左右。
加之降雨、灌水沉实，土壤“犁底层”上移加厚，形成了坚硬深厚的阻隔层，阻碍了土壤中的水分、养分和空气上下运行，也阻碍了作物根系下扎延伸，最后导致土壤蓄水能力越来越少，抗旱性能不断下降。

土壤有机质含量降低
现在的农田长期不施用农家肥，很少进行秸秆还田，中国传统农业精髓的种植绿肥也不搞了，这一现象的产生间接导致了土壤当中的有机质长期得不到补充。
再加上化学氮肥超量的施用，使土壤当中碳的耗竭速度加快。从而导致土壤当中有机质含量严重不足。
而土壤问题很大一部分原因与当中的有机质有关，当有机质含量不足时，土壤酸化和次生盐碱化、土壤结构破坏、土壤肥力低下、土传病害加剧等现象便会出现。

土壤结构破坏、板结严重
由于土壤缺乏有机肥补充，以及不合理的耕作和不合理的灌溉，化肥的大量施用，加剧了土壤团粒结构的破坏，从而导致土壤板结现象越来越严重，直接影响到土壤的自然活力和自我调节能力。

设施农业土壤综合障碍病
设施栽培是在全年封闭或季节封闭环境下，由于高度集约化、高复种指数、高肥料投入、高农药用量、高强度高频度人为干扰，过量施肥，土壤长期处于高温高湿状态，过量灌水，过度耕作与践踏，在如此强烈的干扰和巨大压力下，土壤健康急剧恶化。
一般种植2-3年，就会出现土壤内部营养失衡、土壤酸化、土壤次生盐碱化、土壤有害物质积累、土壤微生物种群多样性和功能退化等一系列土壤病害。

土壤侵蚀
耕地土壤侵蚀主要表现有：水蚀、风蚀和耕蚀主要是农民垦殖过度，很多山坡被垦为农田。尤其是坡度大于15度以上的坡地，年复一年的耕作，水土流失极为严重。
其次是开垦后没有实施保护性耕作，如坡改梯，水平沟耕作，植物篱保护等，而随意挖地耕翻，既造成耕蚀，又加剧了风蚀、水蚀。
长期流失, 必然导致土壤过沙, 保水保肥能力降低。