《旧唐书.太宗本纪》：
二年正月，镇长春宫，进拜左武候大将军、凉州总管。
《资治通鉴》武德二年五月条下：
壬午，以秦王世民为左武候大将军、使持节、凉、甘等九州诸军事、凉州总管，其太尉、尚书令、雍州牧、陕东道行台并如故。遣黄门侍郎杨恭仁安抚河西。
这里出现了两个时间。

再看《新唐书.李轨》：
又令鸿胪少卿张侯德持节，册拜为凉州总管，封凉王，给羽葆鼓吹一部。
《资治通鉴》武德二年二月丙戌条下： 张俟德至凉，李轨召其群臣廷议曰：“唐天子，吾之从兄，今已正位京邑。一姓不可自争天下，吾欲去帝号，受其官爵，可乎？”……戊戌，轨遣其尚书左丞邓晓入见，奉书称“皇从弟大凉皇帝臣轨”而不受官爵。帝怒，拘晓不遣，始议兴师讨之。
以上可知武德二年正月，凉州还是李轨的天下，不可能封李世民当凉州总管，所以《太宗本纪》的记载有误。

根据武德五年《秦王领左右十二卫大将军制》提到的“天策上将太尉领司徒尚书令陕东道大行台益州道行台尚书令雍州牧凉州总管左右武候大将军上柱国秦王世民”，李世民还是凉州总管。
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但当我们看到有关杨恭仁的史料，问题就变得有趣起来。
《旧唐书.杨恭仁》：
恭仁独雅正自守，不为蕴等所容，由是出为河南道大使，讨捕盗贼。时天下大乱，行至谯郡，为朱粲所败，奔还江都。高祖甚礼遇之，拜黄门侍郎，封观国公。寻为凉州总管。恭仁素习边事，深悉羌胡情伪，推心驭下，人吏悦服，自葱岭已东，并入朝贡。未几，遥授纳言，总管如故。俄而突厥颉利可汗率众数万奄至州境，恭仁随方备御，多设疑兵，颉利惧而退走。属瓜州刺史贺拔威拥兵作乱，朝廷惮远，未遑征讨。恭仁乃募骁勇，倍道兼进，贼不虞兵至之速，克其二城。恭仁悉放俘虏，贼众感其宽惠，遂相率执威而降。
《新唐书.杨恭仁》：
时威及宇文述 、 裴蕴 、 裴矩参掌选事， 皆受赇不法， 恭仁素 廉正， 故恶之， 出为河南道大使， 使捕寇贼。 至谯郡， 为朱粲所败， 奔江都。 宇文化及弑逆， 署吏部尚书， 为化及守魏县。 元宝藏执送 京师， 高祖素知之 ， 授黄门侍郎， 封观国公。 寻为凉州总管。 恭仁久乘边， 习种藩隋伪， 悉心绥慰， 由葱岭以东， 皆奉贡贽。 就加纳言。 突厥颉利率众数万猎其境， 恭仁应机设拒， 张疑屯虚帜 示之 ， 颉利惧而走。 瓜州刺史贺拔行威叛 ， 朝廷未即讨。 恭仁募趣 荡 ， 倍道进， 贼不虞其来， 遂克二城。 纵所俘还之， 众感悦， 遂相 与缚行威降。 召拜吏部尚书， 兼中书令， 检校凉州诸军事。 迁左卫大将军。
《资治通鉴》武德二年闰月己巳条下：
　　隋吏部侍郎杨恭仁，从宇文化及至河北；化及败，魏州总管元宝藏获之，己巳，送长安。上与之有旧，拜黄门侍郎，寻以为凉州总管。恭仁素习边事，晓羌、胡情伪，民夷悦服，自葱岭已东，并入朝贡。
冬，十月，己亥，就加凉州总管杨恭仁纳言；
武德三年九月条下：
突厥莫贺咄设寇凉州，总管杨恭仁击之，为所败，掠男女数千人而去。
《旧唐书.高祖本纪》 武德六年夏四月条下：
癸酉，以尚书右仆射、魏国公裴寂为左仆射，中书令、宋国公萧瑀为右仆射，侍中、观国公杨恭仁为吏部尚书。
根据以上一系列记载，杨恭仁武德二年闰二月就当了凉州总管，直到武德六年四月才回朝任吏部尚书。
然而，武德五年五月李世民封凉州总管的诏书还在，那么从武德二年至少到武德五年，唐朝有了两个凉州总管。

《杨恭仁墓志》：
杨恭仁墓志：
寻拔难归朝，仍以魏州反正，拜上柱国，袭爵观国公。武德二年春三月，仍除黄门侍郎，十月，迁纳言。三年，改授侍中。出纳纶诰，典综枢机。
享鲜之要，游刃斯在。王化伊始，西域未宾，授公河西道安抚大使、检校凉州总管，管内刺史以下，皆得便宜从事，随方选补。李轨窃据凉州，不宾王命。黄河之右，尽为鲸敌。公连筹制胜，克平西夏。李轨枭县，远戎纳贡。於是赤水安流，玄珠重译，俯昆阆，远廓神州。又平逆贼贺拔威，朝延将弘赏典，公乃表请回授第六弟威骑都尉。六年四月，拜吏部尚书。式镜九流，悬衡百姓。巨源之盛德不孤，卢毓之清尘未远。寻授右卫大将军、鼓旗军将，领京城以西六十余府。九年，拜雍州牧。
虽然墓志行文把杨恭仁“检校凉州总管”安排在“十月，迁纳言。三年，改授侍中”之后，但是看整个事件描述，“李轨窃据凉州，不宾王命。黄河之右，尽为鲸敌。公连筹制胜，克平西夏。李轨枭县，远戎纳贡。”显然杨恭仁检校凉州总管在灭李轨平河西之前，与《资治通鉴》记载二年闰二月的时间对得上。

《北史李延寿自序》：
大师既至会州，忽忽不乐，乃为《羁思赋》以见其事。侍中、观公杨恭仁时镇凉州，见赋异之，召至河西，深相礼重，日与游处。大师少有著述之志，常以宋、齐、梁、陈、魏、齐、周、隋南北分隔，南书谓北为「索虏」，北书指南为「岛夷」。又各以其本国周悉，书别国并不能备，亦往往失实。常欲改正，将拟《吴越春秋》，编年以备南北。至是无事，而恭仁家富于书籍，得恣意披览。宋、齐、梁、魏四代有书，自余竟无所得。居二年，恭仁入为吏部尚书，大师复还会州。
杨恭仁在凉州，有许多抚边平寇御敌交友的实迹，而除了一纸诏书找不到任何李世民与凉州产生瓜葛的踪迹。

无独有偶，同在《资治通鉴》武德二年五月条下：
轨至长安，并其子弟皆伏诛。以安兴贵为右武候大将军、上柱国、凉国公，赐帛万段，安修仁为左武候大将军、申国公。
武德二年五月，唐朝封了两个左武候大将军。
是否这份《秦王兼凉州总管制》跟任命江州道行军元帅的诏令一样根本没有执行，亦或像有些人怀疑的，《全唐文》中的诏书也被改过？

在裴寂墓志我们发现了同样蹊跷的事。据《大唐故司空魏国公赠相州刺史裴公墓志铭》：
六年四月转授尚书左仆射。历居端揆，允厘庶政，谭思旧章，弥纶彝典。冕旒穆而垂拱，严廊肃而无事。以圣得贤，验于兹矣。寻授尚书令，固辞不拜。九年册拜司空。
大约在武德七、八年间，李渊任命裴寂为尚书令，但是裴寂坚决推辞没有就任。按照常理，只有尚书令一职空缺，李渊才有可能做出新的任命。
但是直到武德九年玄武门之后的《立秦王为太子诏》，仍称“天策上将太尉尚书令陕东道大行台尚书令益州道行台尚书令雍州牧蒲州都督领十二卫大将军中书令上柱国秦王世民”，如果李世民之前没有被免职，再任中书令就是一件很奇怪的事情。从唐朝建立到李世民政变当上太子，他的职务明显有了很多变化，但史书从来都是只记载任职，从来不记载免职，裴寂授尚书令之事不见载于史书就很耐人寻味了